Dette innlegget har to motivasjon. For det første kan tjene som et fremtidig referanse punkt hvis jeg trenger å nevne tre typene igjen, og selvfølgelig kan det bli funnet via søk motor med noen som trenger å se denne ting opp. Den andre er min siste observasjon at noen «evolusjonære’ systematists har tendens til å kalle alle fylogenetisk trær cladograms, kanskje conflating måter å vise evolusjonære relasjoner med sine tvilsomme hevder at cladists ikke akseptere eksistensen av forfedre., Jeg ønsker å benytte anledningen til å forklare ulike måter vi kan trekke trær, hva de betyr, og hva en cladogram egentlig er.
Fylogenetisk trær er enkel ikke-sykliske grafer koble terminaler – ofte arter – for å vise hvordan terminaler er i slekt. I arter trær, interne internodes er felles forfedre, og nodene hvor grenene møter, er speciation hendelser. I genet trær, de ville være forfedres gener og mutasjon hendelser, henholdsvis.
Kanskje den eldste virkelig fylogenetisk tre ble tegnet av Charles Darwin i sin bærbar pc, er den berømte «jeg tror» diagram., Men det var i så fall en abstrakt modell for å hjelpe ham med å se for seg felles avstamning, ennå ikke i en konkret hypotese om noen spesifikke organismer.

Slik at vi har et tre koble terminaler. Videre vil jeg anta at treet er outgroup-forankret, slik at det har en eksplisitt tekstretning: I de følgende eksemplene, kan du pilen tid poeng fra venstre til høyre. Det kan være forskjellige., Alle som følger ville fungere like godt hvis trærne ble snudd 90 grader og pilen tid pekte fra bunnen til toppen, eller hvis treet var rund som i tilfelle av Darwin ‘ s skisse. Hva dette innlegget handler om er ganske enkelt hva grenen lengder på treet diagram mener, hvis noe.
Cladograms

minst informativ måte skildrer et fylogenetisk tre er som en cladogram. Alt som det viser seg, er hvordan terminaler er antatt å være i slekt, ikke noe annet., Grenen lengder er meningsløs, og vil kunne bli trukket med vilkårlig lengde. Men for å vise at dette er tilfelle i praksis vil folk trekke dem enten lik lengde eller, som i tilfellet av mitt eksempel treet her, som alle slutter flush. Hvis du er usikker på om du arbeider med et cladogram, kan det være nyttig å sjekke om det er en målestokk på diagrammet. Hvis det ikke er, er det sannsynligvis en cladogram.
Men forfatteren kan fortsatt velge å sette flått på cladogram grener for å illustrere hvor tegn endringer fant sted., I dette tilfellet, vil du ha den samme informasjonen som er gitt av phylogram (se nedenfor), men uten meningsfull gren lengder, slik at du fortsatt arbeider med en cladogram visning av treet.

Hvis de er så uninformative, så hvorfor er cladograms brukt i det hele tatt? Så vidt jeg kan fortelle, i praksis det har ingenting å gjøre med cladists’ ment dogmatisk avvisning av forfedre. Cladogram utsikten er pragmatisk brukt i fylogenetisk publikasjoner som viser når sant gren lengder ville føre til en svært uryddig og forvirrende ser treet, eller når det ikke er noen meningsfulle gren lengder., Det siste er tilfelle med konsensus trær oppsummering en rekke like parsimonious trær eller resultatene av bootstrapping eller jackknifing. Hver av de trærne de er konsensus hadde gren lengder, men konsensus treet i seg selv viser bare hvilke relasjoner de er enige om. Det har ikke godt definert gren lengder på sin egen.
Phylograms

En phylogram er et fylogenetisk tre hvis gren lengder er proporsjonal med hvor mange tegn endringer har blitt antydet langs grenene., Hvis treet du ser på har grener som ikke slutten flush og en målestokk som du er mest sannsynlig å gjøre med en phylogram.
Hvis gren lengder er multipler av en, det er mest parsimonious å anta at treet er resultatet av en parsimony analyse. En lengde på ett så betyr det at én karakter endring fant sted langs grenen, to betyr to, og så videre. Hvis gren lengder er små deler av en, på ordre av 0.004, treet er mest sannsynlig et resultat av sannsynligheten eller Bayesiansk analyse. Lengden så betyr det brøkdel av tegn endret langs grenen., Jeg har ingen anelse om hvorfor parsimony og modell-basert phylogenies har så forskjellige konvensjoner, men hvis du ønsker å gjøre dem direkte sammenlignbare du bare har å multiplisere alle gren lengder i sannsynligheten treet med antall tegn i den opprinnelige data matrix.
Merk at det i en phylogram vis en null-lengde gren indikerer at den felles forfaderen nedenfor som branch har blitt rekonstruert til å ha de samme tegnene som etterkommer på slutten av grenen., I mitt eksempel tre, felles stamfar av Planta arvensis og Planta vulgaris ville ha vært umulig å skille fra Planta arvensis av tegnsettet som brukes i analysen. En «evolusjonær’ systematist er nå fri til å dra en «dette sjimpanse over det er min stamfar» og vurdere Planta arvensis å være stamfar til Planta vulgaris. Jeg tror ikke at det er fornuftig, men poenget er at dette er et spørsmål om tilnærminger til klassifisering. Det er ikke et spørsmål om fylogenetisk trær eller cladistic analyser som sådan ikke slik at denne tolkningen.,
Chronograms

En chronogram er et fylogenetisk tre hvis gren lengder er proporsjonal med tiden. Hvis treet du ser på er ultrametric, som er alle grener slutten flush, og det har et full-lengde målestokk, du kan gjøre med en chronogram. Hvis målestokken er i enheter av «Myr» eller suchlike og starter med null i dag er du definitivt gjøre med en chronogram.,
Noen chronograms kan ikke være ultrametric fordi de inneholder utdødde arter, men den slags fancy analyse som gir disse typer trær er fortsatt lite brukt, ikke minst fordi mange grupper ikke har skikkelige fossiler tilgjengelig uansett.
Phenograms
en Annen term som du kan kjøre inn er phenogram, men dette er ikke om betydningen av grenen lengder. Mange systematists ikke vurdere clustering av likheten til å ha en sann fylogenetisk logikk, mens andre er uenig og mener det bare enda et verktøy i phylogentic verktøykassa., Den tidligere tilsvarende bruk phenogram å skille resultatene av avstanden basert, clustering, phenetic analyser fra fylogenetisk trær som følge av hva de anser for å være faktiske fylogenetisk analyse. På samme måte, ville man da kalle en gruppe i en phenogram en klynge i motsetning til clade, reservere siste ord for fylogenetisk trær.
Ingen planter ble skadet i å lage dette innlegget. FigTree ble brukt til å produsere eksempel trær.