Den portugisiske oppdagelsesreiser åpnet veien for direkte kontakt mellom den Katolske Kirke og den Etiopiske Ortodokse Kirken. I det 14. århundre, Katolske misjonærer kom i Etiopia. 28. August 1439, Pave Eugene IV sendt en melding av enhet med den Katolske Kirke å Etiopiske Keiser Konstantin jeg, men dette arbeidet var mislykket.

Med Islamske angrep opp til 1531 truende Kristne Etiopia, en appell fra Keiseren til den portugisiske brakt støtte til å bekjempe Adal Sultanatet i den Etiopisk–Adal Krigen., Jesuitt-misjonærene kom med den portugisiske til Etiopia. Disse misjonærene fokusert på deres omvendelse aktiviteter på landets styrende klasse, inkludert Keiseren, for å ha den Etiopiske Ortodokse Kirken forene med den Katolske Kirke. Keiseren Susenyos ble gjort først og fremst av Fader Pedro Páez. I 1622, Susenyos laget Katolisismen statsreligion. Det neste året, og Pave Gregor XV heter Afonso Mendes, en portugisisk Jesuitt, Patriarken av den Etiopiske Kirken. En formell union i 1626 ble erklært når Patriarken Mendes kom til landet., Med Mendes prøver å Latinize den Etiopiske kirken, Susenyos brukte makt for å pålegge Latinization. Offentlig tilbakeslaget førte. I 1632, Susenyos døde. Hans etterfølger Fasilides i 1636 fjernet Mendes fra landet, endte union med Roma og fjernet eller drepte de gjenværende misjonærer. For de neste 200 årene, Etiopia ble stengt for Katolske Misjoner.

I 1839, italiensk Lazarist og Kapusinerne misjonærene kom, men innenfor visse begrensninger på dem på grunn av sterk offentlig motstand., Samme år som de Justin Jacobis ble utnevnt første Apostoliske Prefekt av Etiopia og betrodd med stiftelsen av Katolske misjoner i det landet. Etter å ha arbeidet med stor suksess i Etiopia for åtte år ble han utnevnt til titulær Biskop av Nilopolis i 1847, og kort tid etterpå Sogneprest Apostoliske av Etiopia, men han nektet episcopal verdighet før det ble til slutt tvunget på ham i 1849.

I 1919, det Pavelige Etiopiske College ble grunnlagt i Vatikanets vegger av Pave Benedikt XV med St. Stephen ‘ s Church, bak St., Peter ‘ s Basilica, som er utpekt kirken for Høgskolen.

Den latinske Kirken hadde blitt etablert i den sørlige delen av Etiopia i områder som ikke hadde blitt Kristen, og som ble innlemmet i det moderne landet først på slutten av det 19. århundre. Den italienske okkupasjonen av Etiopia i 1936 ga opphav til en økning i antall Latin-Kirken jurisdiksjoner, men utvisning av utenlandske misjonærer på slutten av den Andre Verdenskrig betydde at Ethiopic Rite geistlige måtte ta ansvar for områder dermed ribbet av Katolske prester., Følgelig, i 1951, den Ethiopic Rite Apostoliske Exarchate av Addis Abeba ble etablert, og ordinariate for Eritrea ble forhøyet til graden av exarchate. Ti år senere, 20. februar 1961, en Ethiopic kirkelige provinsen ble etablert, med Addis Abeba som Metropolitan Se og Asmara (i Eritrea) og Adigrat (i Etiopia) som suffragan eparchies.

I 1995, to nye eparchies, Barentu og Keren, ble etablert i Eritrea, og Latin-Kirkens apostoliske vicariate ble avskaffet., Eritrea ble dermed det eneste landet hvor alle Katolikker, uansett hva Kirken av sin kanoniske ascription, tilhører en Øst-Katolsk jurisdiksjon. I 2003 var det en mer eparchy ble opprettet i Endibir i den Sørlige Nasjoner, Nasjonaliteter og Folkeslag’ – Regionen i Etiopia.

I januar 2015 Pave Francis etablert den Eritreiske Katolske Kirke som en sui iuris Øst-Katolske Kirke, og dermed gi den autonomi fra den Etiopiske Katolske Kirke.

Det er også latinske Kirken jurisdiksjoner i sør-Etiopia, ingen av dem reist til graden av bispedømmet., Åtte er apostolisk vicariates og er en apostolisk prefektur.