Wassertemperatur und Salzgehalt
In der Mayotte Lagune hat das Wasser die gleichen Eigenschaften wie die oberen Schichten des offenen Ozeans. Der Salzgehalt liegt nahe bei 35 Teilen pro Tausend (ppt) und die Temperatur variiert zwischen 27 und 24 °C (81 und 75 °F). Dies ist typisch für Korallenlagunen, aber die Temperatur und der Salzgehalt der Barrier Island Lagunen sind aufgrund ihrer größeren klimatischen Reichweite variabler. Weil sie flach sind, nähern sich Lagunenwasser der Lufttemperatur an: kälter als der offene Ozean im Winter, wärmer im Sommer.,
Die Salzgehalte nehmen in Abhängigkeit von der Menge des in die Lagune eintretenden Abflusses in Bezug auf den Gezeitenzufluss ab. Lagunen können als brackig, marine oder hypersalin betrachtet werden. Brackige Lagunen erhalten viel Abfluss und der Salzgehalt steigt in Richtung der Gezeiteneinlässe. Beispielhaft dafür sind die Gippsland-Lagunen. Der Salzgehalt am inneren Ende variiert je nach Jahreszeit zwischen 0,5 und 5 ppt, und die zentralen Werte variieren zwischen 5 und 20 ppt.
In heißen ariden Regionen verlieren Lagunen durch Verdunstung mehr Wasser, als sie durch Landentwässerung erhalten., Dies führt dazu, dass Oberflächengewässer dichter werden als Meerwasser und auf den Boden sinken. Meerwasser fließt an der Oberfläche ein, um das durch Verdunstung verlorene zu ersetzen, wodurch eine Zirkulation entsteht, die umgekehrt der in Flussmündungen vorkommenden ist. Wenn der Austausch mit dem offenen Meer begrenzt ist, kann die Lagune viel salzhaltiger werden als das offene Meer. Folglich werden verschiedene Arten von Pflanzen und Tieren an das Leben in hohen Salzgehalte angepasst. Laguna Madre in Texas und Syvash Sound im Schwarzen Meer sind Beispiele für hypersaline Lagunen. (Sie haben Salzgehalte von 65 bzw., Unter diesen Bedingungen können sich Salzablagerungen bilden. Das dichtere Salzwasser neigt dazu, unter dem frischeren Wasser zu liegen, wo das Mischen nicht schwerwiegend ist.
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