Die religiösen Grundsätze, die Akhenaten in seiner Verehrung des Aton vertritt, sind nirgendwo detailliert beschrieben. Sie müssen weitgehend aus der Ikonographie der Tempelreliefs und Stelen, die ihn mit seiner Gottheit darstellen, und aus dem einen langen religiösen Text aus Tell el-Amarna, dem Aton-Hymnus, der in mehreren privaten Gräbern aufbewahrt wird, rekonstruiert werden., In unzähligen Opferszenen, die von Karnak und Tell el-Amarna erhalten sind, wird Akhenaten nicht von Angesicht zu Angesicht mit seinem Gott dargestellt, wie es traditionelle Opferpraktiken vorschreiben würden, sondern Opfergaben an die Sonnenscheibe im Himmel, die ihn in seinen Strahlen badet. Obwohl der Aton als physische Manifestation der Sonne dargestellt wird, ist sein Name dennoch in Kartuschen platziert, eine Unterscheidung, die eher für Könige als für Göttlichkeit typisch ist, und er soll „einer sein, der in seinem Jubiläum ist“, eine Feier, die normalerweise Königen vorbehalten ist., Die wechselseitigen Dialoge zwischen König und Gottheit—die regelmäßig in traditionellen Tempelszenen auftauchen und die von den Göttern ausgesprochenen Segnungen bestätigen—sind in der Religion von Akhenaten, in der die primäre Gottheit keinen Mund hat, nicht realisierbar. Tempeltexte beschränken sich daher fast ausschließlich auf die Namen und Titel des Atons und die von Echnaton und seiner Familie, die oft zusammen auf Opferstelen aus privaten Villen gezeigt werden.

Die Aton Hymne selbst ist weitgehend eine kraftvolle Beschreibung der natürlichen Effekte., Es beschreibt die Sonnenscheibe als Hauptbewegungsmittel des Lebens, deren täglicher Aufstieg alle Lebewesen auf der Erde verjüngt und bei deren Einstellung alle Kreaturen schlafen gehen. Während das Aton die Welt für die Menschen geschaffen haben soll, scheint das ultimative Ziel der Schöpfung wirklich der König selbst zu sein, dessen innige und privilegierte Verbindung zu seinem Gott betont wird. Göttliche Offenbarung und Erkennbarkeit sind allein Echnaton vorbehalten, und die Hymne ist letztendlich neutral in Bezug auf die Erklärung der Geheimnisse der Göttlichkeit., Der Hymnus hat bestimmte Passagen, die von einer breiteren literarischen Tradition geteilt werden und sind nicht einzigartig für Echnaton; einige haben Ähnlichkeiten zu Psalm 104 (siehe Psalmen).

Irgendwann nach seinem fünften Regierungsjahr initiierte Akhenaten ein Programm, um den Namen und das Bild des thebanischen Gottes Amon von allen Denkmälern zu löschen, eine Entscheidung, die in vielen ägyptischen Tempeln weit verbreitete Zerstörung anrichtete. Der Grund für diesen drastischen Schritt ist nicht bekannt; Irgendwann scheint es, dass auch andere Götter angegriffen wurden, darunter Amons Gemahlin Mut und das Pluralwort Götter.,

Amon und Taharqa

Granitstatue von Amon in Form eines Widders, der König Taharqa, 25.

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Obwohl Echnaton von einigen als der erste Monotheist der Welt angesehen wurde, kann die Religion des Aton am besten als Monolatrie beschrieben werden, die Verehrung eines Gottes gegenüber allen anderen., In der Tat, Akhenaten Gott konsequent integriert mehrere Aspekte der traditionellen göttliche Sonne, wie Re-Harakhte (die aufgehende Sonne), Shu (Atmosphäre und Sonnenlicht) und Maat (Tochter von Re). Ob seine Überzeugungen jemals in der öffentlichen Vorstellung oder sogar unter den Bewohnern von Akhetaton selbst Einfluss nahmen, bleibt ungewiss. Privathäuser sowie das Arbeiterdorf haben zahlreiche Figuren von Haushaltsgottheiten hervorgebracht, und Stelen, die traditionellen Gottheiten wie Isis und Tausret gewidmet sind, wurden in einigen privaten Kapellen gefunden., Sicher gibt es keine Beweise dafür, dass Akhenats eigenwillige Religion seinen Tod überlebt hat.