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Auch inmitten dieser beispiellosen Triumphe war Bacon jedoch nicht ohne Fehler. Er erlaubte Berkeley, Jamestown nach einem überraschenden indischen Angriff auf eine nahe gelegene Siedlung zu verlassen. Er beschlagnahmte auch Vorräte aus Gloucester und machte sie anfällig für mögliche indische Angriffe., Kurz nachdem die unmittelbare Krise abgeklungen war, zog sich Berkeley kurz in sein Haus in Green Springs zurück und wusch sich die Hände des gesamten Chaos. Nathaniel Bacon dominierte Jamestown von Juli bis September 1676. Während dieser Zeit kam Berkeley aus seiner Lethargie und versuchte einen Putsch, aber die Unterstützung für Bacon war immer noch zu stark und Berkeley war gezwungen, nach Accomack County am Ostufer zu fliehen.,Juli 1676 gab Bacon seine „Erklärung des Volkes“ heraus, in der er feststellte, dass Berkeley korrupt war, Favoriten spielte und die Indianer für seine eigenen egoistischen Zwecke schützte. Bacon gab auch seinen Eid ab, wonach der Schwörer Bacon in jeder erforderlichen Weise seine Loyalität versprach (d. H. bewaffneter Dienst, Vorräte, verbale Unterstützung). Selbst diese enge Zügel konnte die Flut nicht davon abhalten, sich wieder zu ändern. Bacons Flotte wurde zuerst und schließlich heimlich von Berkeleys Männern infiltriert und schließlich gefangen genommen., Dies sollte der Wendepunkt im Konflikt sein, denn Berkeley war wieder stark genug, um Jamestown zurückzuerobern. Bacon folgte dann seinem sinkenden Vermögen nach Jamestown und sah es stark befestigt. Er unternahm mehrere Belagerungsversuche, bei denen er die Frauen mehrerer der größten Unterstützer Berkeleys entführte, darunter Frau Nathaniel Bacon Sr., und stellte sie auf die Wälle seiner Belagerungsbefestigungen, während er seine Position grub. September 1676 brannte Bacon Jamestown nieder. (Er hat viele wertvolle Aufzeichnungen im Staatenhaus gespeichert.,) Inzwischen war sein Glück mit dieser extremen Maßnahme offensichtlich aufgebraucht und er begann Probleme zu haben, das Verhalten seiner Männer zu kontrollieren und seine Unterstützung durch die Bevölkerung aufrechtzuerhalten. Nur wenige Menschen reagierten auf Bacons Appell, Berkeley zu erobern, der aus Sicherheitsgründen an die Ostufer zurückgekehrt war.Oktober 1676 starb Bacon abrupt an den “ Bloodie Flux „und“ Lousey Disease “ (Körperläuse). Es ist möglich, dass seine Soldaten seinen kontaminierten Körper verbrannten, weil er nie gefunden wurde., (Sein Tod inspirierte dieses kleine Ditty; Bacon ist tot Es tut mir leid, dass Läuse und Flussmittel den Teil des Henkers übernehmen sollten“.)

Kurz nach Bacons Tod erlangte Berkeley die vollständige Kontrolle zurück und erhängte die wichtigsten Anführer der Rebellion. Er beschlagnahmte auch Rebelleneigentum ohne den Vorteil eines Prozesses. Insgesamt wurden dreiundzwanzig Personen für ihren Teil an der Rebellion gehängt. Später, nachdem ein Untersuchungsausschuss aus England König Karl II. seinen Bericht vorgelegt hatte, wurde Berkeley vom Gouverneursamt entlassen und kehrte nach England zurück, wo er im Juli 1677 starb.,

Damit endete eines der ungewöhnlichsten und kompliziertesten Kapitel in Jamestowns Geschichte. Hätte es verhindert werden können oder war es Zeit für unvermeidliche Veränderungen in der kolonialen Regierungsstruktur? Offensichtlich waren die Gesetze nicht mehr wirksam, was die Festlegung klarer Richtlinien zur Bewältigung von Problemen oder zur Einführung eines neuen Lebensmittels in die Wirtschaft der Kolonie anbelangt. Die zahlreichen Probleme, die die Kolonie vor dem Aufstand trafen, führten zum Charakter von Nathaniel Bacon., Aufgrund der Natur des Aufstands scheint Bacons Rebellion auf den ersten Blick der Beginn von Amerikas Streben nach Unabhängigkeit zu sein. Aber eine genauere Betrachtung der Fakten zeigt, was es wirklich war: ein Machtkampf zwischen zwei sehr starken Persönlichkeiten. Zwischen ihnen zerstörten sie fast Jamestown.