dette indlæg har to motivationer. Først, det kan tjene som et fremtidigt referencepunkt, hvis jeg har brug for at nævne trætyper igen, og selvfølgelig kan det findes via søgemaskine af enhver, der har brug for at slå disse ting op. Den anden er min seneste observation, at nogle ‘evolutionære’ systematists har en tendens til at kalde alle fylogenetiske træer cladograms, måske conflating måder at vise evolutionære relationer med deres tvivlsomme påstand om, at cladists ikke acceptere eksistensen af forfædre., Jeg vil gerne benytte lejligheden til at forklare de forskellige måder, vi kan tegne træer på, hvad de betyder, og hvad et cladogram virkelig er.
fylogenetiske træer er enkle ikke-cykliske grafer, der forbinder terminaler – ofte arter – for at vise, hvordan terminalerne er relaterede. I arttræer er de interne internoder almindelige forfædre, og knudepunkterne, hvor grene mødes, er speciationsbegivenheder. I Gen træer, de ville være forfædres alleler og mutation begivenheder, henholdsvis.
måske blev det ældste virkelig fylogenetiske træ tegnet af Charles Dar .in i sin notesbog, det berømte “Jeg tror” diagram., Men det var i så fald en abstrakt model til at hjælpe ham med at visualisere for sig selv fælles afstamning, endnu ikke en konkret hypotese om nogen specifikke organismer.

Så vi har et træ forbinder terminaler. Jeg vil yderligere antage, at træet er outgroup-rodfæstet, så det har en eksplicit retning: i de følgende eksempler, pilen af tidspunkter fra venstre til højre. Det kunne være anderledes., Alt det følgende ville fungere lige så godt, hvis træerne blev drejet 90 grader og tidens pil pegede fra bund til top, eller hvis træet var cirkulært som i tilfældet med Dar .ins skitse. Hvad dette indlæg handler om, er simpelthen hvad grenlængderne på trædiagrammet betyder, hvis noget.
Cladograms

De mindst informative måde at afbilde et fylogenetisk træ er som en cladogram. Alt, hvad det viser, er, hvordan terminalerne antages at være relateret, intet andet., Grenlængderne er meningsløse og kan tegnes med vilkårlig længde. Men for at vise, at dette er tilfældet, i praksis folk trække dem enten lige længde eller, som i tilfældet med mit eksempel træ her, som alle ender flush. Hvis du er usikker på, om du har at gøre med et cladogram, kan det være nyttigt at kontrollere, om der er en skalabjælke på diagrammet. Hvis der ikke er det, er det sandsynligvis et cladogram.
forfatteren kan dog stadig vælge at sætte kryds på cladogramgrene for at illustrere, hvor karakterændringer fandt sted., I så fald vil du have de samme oplysninger som leveret af fylogrammet (se nedenfor), men uden meningsfulde grenlængder, så du har stadig at gøre med en cladogramvisning af træet.

hvis de er så uinformative, hvorfor bruges cladogrammer overhovedet? Så vidt jeg kan fortælle, har det i moderne praksis intet at gøre med cladists’ formodede dogmatiske afvisning af forfædre. Cladogram-visninger bruges pragmatisk i fylogenetiske publikationer, når man viser ægte grenlængder, ville føre til et meget urydigt og forvirrende træ, eller når der ikke er nogen meningsfulde grenlængder., Sidstnævnte er tilfældet med konsensustræer, der opsummerer et antal lige så parsimoniske træer eller resultaterne af bootstrapping eller jackknifing. Hvert af træerne, de er konsensus om, havde grenlængder, men selve konsensustræet viser kun, hvilke forhold de er enige om. Det har ikke veldefinerede grenlængder alene.
Phylograms

Et phylogram er et fylogenetisk træ, hvis filial længde er proportional med hvor mange tegn ændringer har været udledes langs grenene., Hvis træet du kigger på har grene, der ikke ender flush og en skala bar du sandsynligvis beskæftiger sig med en fylogram.
hvis grenlængderne er multipler af en, er det mest parsimonisk at antage, at træet er resultatet af en parsimonyanalyse. En længde på en betyder så, at en karakterændring fandt sted langs grenen, to betyder to og så videre. Hvis grenlængderne er små fraktioner af en, i størrelsesordenen 0, 004, er træet sandsynligvis resultatet af en sandsynlighed eller bayesisk analyse. Længden betyder derefter, hvilken brøkdel af tegnene der er ændret langs grenen., Jeg aner ikke, hvorfor parsimoni og modelbaserede fylogenier har så forskellige konventioner, men hvis du vil gøre dem direkte sammenlignelige, skal du blot multiplicere alle grenlængder i sandsynlighedstræet med antallet af tegn i den originale datamatri..
Bemærk, at i en fylogramvisning angiver en null længde gren, at den fælles forfader under denne gren er blevet rekonstrueret til at have de samme tegn som efterkommer i slutningen af grenen., I mit eksempel træ, den fælles forfader til Planta arvensis og Planta vulgaris ville have været umulig at skelne fra Planta arvensis af det tegnsæt, der blev brugt i analysen. En ‘evolutionær’ systematist er nu fri til at trække en “denne chimpanse derovre er min forfader” og overveje, Planta arvensis at være stamfader til Planta vulgaris. Jeg tror ikke, det giver mening, men pointen er, at dette er et spørgsmål om tilgange til klassificering. Det er ikke et spørgsmål om fylogenetiske træer eller kladistiske analyser som sådan, der ikke tillader denne fortolkning.,
Chronograms

En chronogram er et fylogenetisk træ, hvis filial længde er proportional med tiden. Hvis træet du kigger på er ultrametrisk, det er alle grene ender flush, og det har en fuld længde skala bar, du kan beskæftige sig med et kronogram. Hvis skalabjælken er i enheder af” Myr ” eller lignende og starter med nul i nuet, har du bestemt at gøre med et kronogram.,nogle kronogrammer er muligvis ikke ultrametriske, fordi de indeholder uddøde arter, men den slags fancy analyse, der producerer disse slags træer, bruges stadig sjældent, ikke mindst fordi mange grupper alligevel ikke har anstændige fossiler til rådighed.
Phenogrammer
Et andet udtryk, som du kan løbe ind i, er phenogram, men dette handler ikke om betydningen af grenlængder. Mange systematister anser ikke klynge ved lighed for at have en ægte fylogenetisk logik, mens andre er uenige og betragter det som et andet værktøj i den fylogentiske værktøjskasse., Førstnævnte bruger derfor phenogram til at differentiere resultaterne af afstandsbaserede, klyngedannelse, phenetiske analyser fra de fylogenetiske træer, der er resultatet af, hvad de anser for at være faktiske fylogenetiske analyser. Tilsvarende ville man så kalde en gruppe i et phenogram en klynge i modsætning til clade, reservere sidstnævnte ord for fylogenetiske træer.
ingen planter blev skadet i udarbejdelsen af dette indlæg. FigTree blev brugt til at producere eksemplet træer.