acest post are două motivații. În primul rând, poate servi drept punct de referință viitor dacă trebuie să menționez din nou tipurile de arbori și, desigur, poate fi găsit prin motorul de căutare de oricine trebuie să caute aceste lucruri. Cea de-a doua este ultima mea observație că unele „evolutivă” systematists au tendința de a apela toate arborilor filogenetici cladograms, probabil din cauza asemănării modalități de afișare a evoluției relațiilor lor dubioase susțin că cladists nu acceptă existența strămoșilor., Aș dori să profit de ocazie pentru a explica diferitele moduri în care putem desena copaci, ce înseamnă ei și ce este cu adevărat o cladogramă.
copacii filogenetici sunt grafice simple non-ciclice care leagă terminalele – adesea specii-pentru a arăta modul în care sunt legate terminalele. La speciile de arbori, internodurile interne sunt strămoși comuni, iar nodurile în care se întâlnesc ramurile sunt evenimente de speciație. În arbori genici, acestea ar fi alele ancestrale și, respectiv, evenimente de mutație.
poate cel mai vechi arbore cu adevărat filogenetic a fost desenat de Charles Darwin în caietul său, celebra diagramă „cred că”., Dar în acest caz a fost un model abstract care să-l ajute să-și vizualizeze descendența comună, nu încă o ipoteză concretă despre niciun organism specific.

Deci, avem un copac conectarea terminalelor. Voi presupune în continuare că arborele este înrădăcinat în afara grupului, astfel încât să aibă o direcționalitate explicită: în exemplele următoare, săgeata punctelor de timp de la stânga la dreapta. Ar putea fi diferit., Tot ce urmează ar funcționa la fel de bine dacă copacii ar fi rotiți cu 90 de grade și săgeata timpului ar arăta de jos în sus sau dacă arborele ar fi circular ca în cazul schiței lui Darwin. Ceea ce acest post este despre este pur și simplu ceea ce lungimi de ramură pe diagrama copac înseamnă, dacă ceva.
Cladograms

Cel mai puțin informative mod de a descrie un arbore filogenetic este ca un cladogram. Tot ceea ce arată este modul în care se presupune că terminalele sunt legate, nimic altceva., Lungimile ramurilor sunt lipsite de sens și pot fi desenate cu o lungime arbitrară. Dar pentru a arăta că acesta este cazul, în practică, oamenii le trage fie lungime egală sau, ca și în cazul exemplului meu copac aici, ca toate Culoare se încheie. Dacă nu sunteți sigur dacă aveți de-a face cu o cladogramă, ar putea fi util să verificați dacă există o bară de scară pe diagramă. Dacă nu există, este probabil o cladogramă.

Cu toate acestea, autorul poate opta în continuare pentru a pune căpușe pe ramurile cladogramei pentru a ilustra unde au avut loc schimbările de caractere., În acest caz, veți avea aceleași informații furnizate de phylogram (a se vedea mai jos), dar fără semnificație ramură lungimi, așa că încă de-a face cu un cladogram vedere de copac.
dacă sunt atât de neinformative, atunci de ce sunt folosite cladogramele? Din câte îmi dau seama, în practica contemporană nu are nimic de-a face cu presupusa respingere dogmatică a strămoșilor cladiștilor. Cladogram vizualizări sunt utilizate pragmatic în publicațiile filogenetice atunci când arată lungimi de ramură adevărat ar duce la un copac foarte dezordonat și confuz în căutarea sau atunci când nu există lungimi de ramură semnificative., Acesta din urmă este cazul copacilor consensuali care rezumă un număr de copaci la fel de parcimonioși sau rezultatele bootstrapping sau jackknifing. Fiecare dintre copaci sunt consensul lungimilor ramurilor, dar arborele consensului în sine arată doar ce relații sunt de acord. Ea nu are lungimi de ramură bine definite pe cont propriu.
Phylograms

Un phylogram este un arbore filogenetic ramură a căror lungimi sunt în funcție de cât de multe modificări de caracter au fost dedus de-a lungul ramurilor., Dacă arborele pe care îl priviți are ramuri care nu se termină la culoare și o bară de scară, cel mai probabil aveți de-a face cu o filogramă.
dacă lungimile ramurilor sunt multipli ai unuia, este cel mai parsimonious să presupunem că arborele este rezultatul unei analize parsimony. O lungime a unuia înseamnă că o schimbare de caracter a avut loc de-a lungul ramurii, două înseamnă două și așa mai departe. Dacă lungimile ramurilor sunt fracțiuni minuscule de una, de ordinul a 0,004, arborele este cel mai probabil rezultatul unei probabilități sau al unei analize Bayesiene. Lungimea înseamnă apoi ce fracțiune din caractere s-a schimbat de-a lungul ramurii., Nu am nici o idee de ce parsimony și filogeniile bazate pe model au astfel de convenții diferite, dar dacă doriți să le faceți direct comparabile, trebuie doar să multiplicați toate lungimile ramurilor din arborele de probabilitate cu numărul de caractere din matricea de date originală.
rețineți că într-o vizualizare filogramă o ramură cu lungime zero indică faptul că strămoșul comun de sub acea ramură a fost reconstruit pentru a avea aceleași caractere ca descendentul de la capătul ramurii., În exemplul meu copac, strămoșul comun al Planta arvensis și planta vulgaris ar fi fost imposibil de distins de Planta arvensis prin setul de caractere utilizat în analiză. Un sistematist ” evolutiv „este acum liber să tragă un” acest cimpanzeu de acolo este strămoșul meu ” și să considere Planta arvensis ca fiind strămoșul plantei vulgaris. Nu cred că are sens, dar ideea este că aceasta este o chestiune de abordări ale clasificării. Nu este vorba de arbori filogenetici sau de analize cladistice ca atare care nu permit această interpretare.,
Chronograms

Un chronogram este un arbore filogenetic ramură a căror lungimi sunt proporționale cu timpul. Dacă sunteți în căutarea la ultrametric, care este toate ramurile end culoare, și are un full-lungime scară bar, poate fi de-a face cu un chronogram. În cazul în care bara de scară este în unități de ” Myr ” sau suchlike și începe cu zero în prezent vă sunt cu siguranta de-a face cu o cronogramă.,
unele cronograme nu pot fi ultrametrice deoarece conțin specii dispărute, dar tipul de analiză fantezistă care produce aceste tipuri de copaci este încă rar folosit, nu în ultimul rând pentru că multe grupuri nu au oricum fosile decente disponibile.un alt termen pe care îl puteți întâlni este fenograma, dar acesta nu este despre semnificația lungimilor ramurilor. Multe systematists nu ia în considerare gruparea de similitudine pentru a avea un adevărat filogenetic logica în timp ce altele nu sunt de acord și consideră că este pur și simplu un alt instrument în phylogentic toolbox., În consecință, primii folosesc fenograma pentru a diferenția rezultatele analizelor fenetice bazate pe distanță, clustering, din arborii filogenetici care rezultă din ceea ce consideră a fi analize filogenetice reale. În mod similar, s-ar numi apoi un grup într-o fenogramă un cluster, spre deosebire de clade, rezervând ultimul cuvânt pentru arbori filogenetici.
nici o plantă nu a fost afectată în realizarea acestui post. FigTree a fost folosit pentru a produce exemplul copaci.