călătoriile portugheze de descoperire a deschis calea pentru contacte directe între Biserica Catolică și Biserica ortodoxă etiopiană. În secolul al XIV-lea, misionarii catolici au sosit în Etiopia. La 28 August 1439, Papa Eugen al IV-lea a trimis un mesaj de unitate cu Biserica Catolică împăratului etiopian Constantin I, dar acest efort nu a avut succes.cu atacuri islamice până în 1531 amenințând Etiopia creștină, un apel al împăratului către portughezi a adus sprijin pentru a învinge Sultanatul Adal în Războiul etiopian–Adal., Misionarii iezuiți au venit cu portughezii în Etiopia. Acești misionari și-au concentrat activitățile de convertire asupra clasei conducătoare a țării, inclusiv asupra împăratului, pentru ca biserica ortodoxă etiopiană să se unească cu Biserica Catolică. Împăratul Susenyos a fost convertit în primul rând de Părintele Pedro Páez. În 1622, Susenyos a făcut catolicismul religia de stat. În anul următor, Papa Grigore al XV-lea l-a numit pe Afonso Mendes, un iezuit portughez, Patriarh al Bisericii etiopiene. O uniune formală în 1626 a fost declarată când patriarhul Mendes a venit în țară., Cu Mendes încercând să Latinizeze Biserica Etiopiană, Susenyos a folosit forța pentru a impune Latinizarea. A rezultat o reacție publică. În 1632, Susenyos a murit. Succesorul său Fasilides în 1636 la îndepărtat pe Mendes din țară, a încheiat unirea cu Roma și a înlăturat sau ucis misionarii rămași. În următorii 200 de ani, Etiopia a fost închisă misiunilor Catolice.în 1839, au sosit misionari Lazariști și capucini italieni, deși în anumite limitări impuse acestora din cauza opoziției publice puternice., În același an, Iustin de Jacobis a fost numit primul prefect Apostolic al Abisiniei și a fost însărcinat cu înființarea misiunilor Catolice în această țară. După travaliu cu mare succes în Abisinia timp de opt ani, a fost numit Episcop titular de Nilopolis în 1847, și la scurt timp după aceea Vicar Apostolic din Abisinia, dar el a refuzat demnitatea episcopală, până când a fost în cele din urmă forțat să-l în 1849.în 1919, Colegiul Pontifical etiopian a fost fondat în interiorul zidurilor Vaticanului de către Papa Benedict al XV-lea cu Biserica Sf., Bazilica lui Petru, ca biserică desemnată pentru colegiu.

Biserica Latină s-a stabilit în sudul Etiopiei în zone care nu fuseseră creștine și care au fost încorporate în țara modernă abia la sfârșitul secolului al XIX-lea. Ocupația italiană a Etiopiei în 1936 a dat naștere la o creștere a numărului de jurisdicții Latino-bisericești, dar expulzarea misionarilor străini la sfârșitul celui de-al doilea război mondial a însemnat că clerul de rit etiopian a trebuit să-și asume responsabilitatea pentru zonele astfel denudate de clerul catolic., În consecință, în 1951, a fost înființat Exarhatul Apostolic de rit etiopian din Addis Abeba, iar ordinariatul pentru Eritreea a fost ridicat la rangul de exarhat. Zece ani mai târziu, la 20 februarie 1961, o Etiopiană ecleziastică a provinciei a fost înființată, cu Addis Abeba ca mitropolia și Asmara (în Eritreea) și Adigrat (în Etiopia), ca suffragan eparhii.în 1995, două eparhii noi, Barentu și Keren, au fost înființate în Eritreea, iar Vicariatul apostolic al Bisericii Latine a fost desființat., Eritreea a devenit astfel singura țară în care toți catolicii, indiferent de Biserica lor canonică, aparțin unei jurisdicții catolice orientale. În 2003, încă o eparhie a fost creată în Endibir, în regiunea Națiunilor, naționalităților și popoarelor din sudul Etiopiei.în ianuarie 2015 Papa Francisc a înființat Biserica Catolică din Eritreea ca biserică catolică Orientală sui iuris, acordându-i astfel autonomie față de Biserica Catolică etiopiană.există, de asemenea, jurisdicții bisericești latine în sudul Etiopiei, niciuna dintre ele ridicată la rangul de eparhie., Opt sunt vicariatele apostolice și unul este o prefectură apostolică.