w małej wiosce Buckinghamshire Matylda Wormwood, pięcioipółletnia dziewczynka o niezwykłej wczesności, której rodzice traktują ją z pogardą, ucieka się do żartów, takich jak przyklejanie kapelusza ojca do głowy, ukrywanie papugi przyjaciela w kominie, aby symulować włamywacza lub ducha, i potajemnie wybiela włosy ojca, aby zemścić się na rodzicach (szczególnie ojcu) za ich niegrzeczne i zaniedbane maniery wobec niej. Matylda przeczytała wiele książek różnych autorów, zwłaszcza w wieku czterech lat, kiedy przeczytała wiele w ciągu sześciu miesięcy.,

w szkole Matilda zaprzyjaźnia się ze swoją nauczycielką Jennifer Honey, która jest zdumiona jej zdolnościami intelektualnymi. Próbuje przenieść ją do wyższej klasy, ale zostaje odrzucona przez dyrektorkę, tyraniczną pannę Agathę Trunchbull. Panna Honey próbuje również porozmawiać z Panem i Panią Wormwood o inteligencji ich córki, ale po prostu ją ignorują.

Panna Trunchbull również konfrontuje dziewczynę z warkoczami o imieniu Amanda Thripp i wykonuje rzut młotem z dziewczyną., Inny chłopak, Bruce Bogtrotter, zostaje przyłapany przez kucharkę, która kradnie kawałek ciasta Panny Trunchbull, a ona każe mu zjeść cały tort przed Zgromadzeniem.

Matilda szybko rozwija szczególnie silną więź z panną Honey i obserwuje, jak panna Trunchbull terroryzuje swoich uczniów celowo kreatywnymi, przesadnymi karami, aby uniemożliwić rodzicom uwierzenie im, jak wrzucenie ich do chokey (więzienia)., Kiedy przyjaciółka Matildy, Lavender, żartuje z Panny Trunchbull, umieszczając traszkę w dzbanku z wodą, Matilda wykorzystuje nieoczekiwaną moc telekinezy, aby przechylić szklankę z traszką na pannę Trunchbull.

Matylda ujawnia swoje moce Pannie Honey, która zwierza się, że została wychowana przez agresywną ciotkę po podejrzanej śmierci ojca., Jej ciotka okazuje się być Miss Trunchbull, która wydaje się (między innymi) zatajać spadek siostrzenicy, aby Panna Honey musiała żyć w biedzie w opuszczonym domku na farmie i że pensja Panny Honey jest wypłacana na konto bankowe Panny Trunchbull przez pierwsze 10 lat jej kariery nauczycielskiej(podczas gdy ona jest ograniczona do £1 tygodniowo w kieszonkowym). Przygotowując się do pomszczenia Panny Honey, Matilda rozwija swój telekinetyczny dar poprzez praktykę w domu. „Kiedy zdam test, wejdę do swojego pokoju” to ulubiona kwestia Matildy w całej historii., Później, podczas sadystycznej lekcji, której uczy Panna Trunchbull, Matilda telekinetycznie podnosi kawałek kredy na tablicę i pisze na niej, udając ducha zmarłego ojca panny Honey i zwracając się do niej, używając swojego imienia (Agatha), żądając, aby Panna Trunchbull oddała Dom i pensję Panny Honey i opuściła szkołę, powodując, że panna Trunchbull zemdlała.

chwilę później wicedyrektor szkoły Pan Trilby odwiedza dom panny Trunchbull, aby dowiedzieć się, co się stało. Znajduje ją pustą, bez śladu tego, co się z nią stało. Jako Mr., Trilby zostaje nowym dyrektorem, okazuje się być zdolny i dobroduszny, dzięki czemu sama Matilda awansuje na najwyższy poziom nauczania. Zamiast jej ulżyć, nie jest już zdolna do telekinezy; wyjaśnia to panna Honey jako rezultat użycia jej umysłu na bardziej wymagającym programie nauczania.

Matylda regularnie odwiedza pannę Honey w swoim domu, ale pewnego dnia zastaje rodziców i starszego brata Michaela pospiesznie pakujących się do Hiszpanii, co wyjaśnia Pani Honey., Matylda prosi o pozwolenie na zamieszkanie z panną Honey, na co niechętnie zgadzają się jej rodzice (jej matka w końcu zrozumiała więź Matildy z nauczycielką). Matilda i Panna Honey znajdują szczęśliwe zakończenie, a atmosfera i program nauczania w szkole znacznie się poprawiają pod okiem Pana Trilby ' ego.