portugalskie Podróże odkrywcze otworzyły drogę do bezpośrednich kontaktów między Kościołem katolickim a etiopskim Kościołem ortodoksyjnym. W XIV wieku do Etiopii przybyli katoliccy misjonarze. 28 sierpnia 1439 papież Eugeniusz IV wysłał poselstwo o jedności z Kościołem Katolickim do cesarza Etiopii Konstantyna I, ale wysiłki te zakończyły się niepowodzeniem.

wraz z atakami islamskimi do 1531 roku zagrażającymi chrześcijańskiej Etiopii, apel cesarza do Portugalczyków przyniósł poparcie dla pokonania Sułtanatu Adalu w wojnie etiopsko–Adalskiej., Misjonarze jezuici przybyli wraz z Portugalczykami do Etiopii. Misjonarze Ci skoncentrowali swoją działalność nawróceniową na rządzącej klasie kraju, w tym na cesarzu, aby Etiopski Kościół Prawosławny zjednoczył się z Kościołem Katolickim. Cesarz Susenyos został nawrócony głównie przez Ojca Pedro Páeza. W 1622 Susenyos uczynił katolicyzm religią państwową. W roku następnym papież Grzegorz XV mianował Afonso Mendesa portugalskim jezuitą, patriarchą Kościoła etiopskiego. Formalną Unię ogłoszono w 1626, gdy do kraju przybył Patriarcha Mendes., Gdy Mendes próbował Latynizować Kościół etiopski, Susenyos użył siły, aby narzucić Latynizację. Wywołało to publiczne protesty. W 1632 roku Susenyos zmarł. Jego następca Fasilides w 1636 usunął Mendesa z kraju, zakończył unię z Rzymem i usunął lub zabił pozostałych misjonarzy. Przez następne 200 lat Etiopia była zamknięta dla misji katolickich.

w 1839 roku przybyli włoscy misjonarze Lazarystów i Kapucynów, choć w pewnych ograniczeniach nałożonych na nich z powodu silnej opozycji społecznej., W tym samym roku Justyn de Jacobis został mianowany pierwszym prefektem apostolskim Abisynii i powierzono mu prowadzenie misji katolickich w tym kraju. Po ośmiu latach pracy w Abisynii, został mianowany biskupem tytularnym Nilopolis w 1847, a wkrótce potem wikariuszem apostolskim Abisynii, ale odmówił godności biskupiej, aż ostatecznie został zmuszony do tego w 1849.

w 1919 roku papieskie Kolegium Etiopskie zostało założone w murach Watykanu przez papieża Benedykta XV z kościołem św. Szczepana, za kościołem św. Szczepana., Bazylika św. Piotra, jako kościół przeznaczony dla Kolegium.

Kościół łaciński powstał na południu Etiopii na terenach, które nie były chrześcijańskie i które zostały włączone do współczesnego państwa dopiero pod koniec XIX wieku. Włoska okupacja Etiopii w 1936 roku doprowadziła do wzrostu liczby jurysdykcji Kościoła łacińskiego, ale wydalenie zagranicznych misjonarzy pod koniec ii Wojny Światowej oznaczało, że etiopski duchowieństwo obrządku musiał wziąć odpowiedzialność za obszary, w ten sposób denudowane duchowieństwa katolickiego., W 1951 roku został ustanowiony egzarchat Apostolski Etiopii w Addis Abebie, a ordynariat Erytrei został podniesiony do rangi egzarchatu. Dziesięć lat później, 20 lutego 1961, Utworzono etiopską prowincję kościelną z Addis Abebą jako metropolią, a Asmara (w Erytrei) i Adigrat (w Etiopii) jako eparchiami sufragańskimi.

w 1995 w Erytrei utworzono dwie nowe eparchie: Barentu i Keren, a wikariat apostolski Kościoła łacińskiego został zniesiony., Erytrea stała się więc jedynym krajem, w którym wszyscy katolicy, niezależnie od ich kanonicznego wyznania, należą do wschodniej jurysdykcji katolickiej. W 2003 utworzono kolejną eparchię w Endibirze w regionie Narodów, Narodowości i Ludów Południa Etiopii.

w styczniu 2015 papież Franciszek ustanowił Erytrejski Kościół katolicki jako Wschodni Kościół katolicki sui iuris, przyznając mu tym samym autonomię od etiopskiego Kościoła Katolickiego.

istnieją również jurysdykcje Kościoła łacińskiego na południu Etiopii, żadna z nich nie została podniesiona do rangi diecezji., Osiem jest wikariatami apostolskimi, a jeden jest prefekturą Apostolską.