Cet article a deux motivations. Tout d’abord, il peut servir de point de référence futur si je dois mentionner à nouveau les types d’arbres, et bien sûr, il peut être trouvé via le moteur de recherche par quiconque a besoin de rechercher ce genre de choses. La seconde est mon observation récente que certains systématistes « évolutionnistes » ont tendance à appeler tous les cladogrammes des arbres phylogénétiques, confondant peut-être des moyens d’Afficher des relations évolutives avec leur affirmation douteuse selon laquelle les cladistes n’acceptent pas l’existence d’ancêtres., Je voudrais profiter de l’occasion pour expliquer les différentes façons dont nous pouvons dessiner des arbres, ce qu’ils signifient et ce qu’est vraiment un cladogramme.
Les arbres phylogénétiques sont de simples graphiques non cycliques reliant les bornes – souvent des espèces-pour montrer comment les bornes sont liées. Dans les arbres d’espèces, les entre-nœuds internes sont des ancêtres communs, et les nœuds où les branches se rencontrent sont des événements de spéciation. Dans les arbres génétiques, ils seraient des allèles ancestraux et des événements de mutation, respectivement.
peut-être le plus ancien arbre vraiment phylogénétique a été dessiné par Charles Darwin dans son cahier, le célèbre diagramme « je pense »., Mais c’était dans ce cas un modèle abstrait pour l’aider à visualiser par lui-même la descendance commune, pas encore une hypothèse concrète sur des organismes spécifiques.

Donc, nous avons un arbre bornes de raccordement. Je supposerai en outre que l’arbre est enraciné hors Groupe, de sorte qu’il a une directionnalité explicite: dans les exemples suivants, la flèche du temps pointe de gauche à droite. Il pourrait être différent., Tout ce qui suit fonctionnerait tout aussi bien si les arbres étaient tournés de 90 degrés et la flèche du temps pointée de bas en haut, ou si l’arbre était circulaire comme dans le cas de L’esquisse de Darwin. Ce que ce post est sur le point est simplement ce que les longueurs de branche sur le diagramme d’arbre signifient, le cas échéant.
Cladograms

Le moins instructif façon de dépeindre un arbre phylogénétique est un cladogram. Tout ce qu’il montre, c’est comment les terminaux sont supposés être liés, rien d’autre., Les longueurs de branche n’ont pas de sens et pourraient être dessinées avec une longueur arbitraire. Mais pour montrer que c’est le cas, en pratique, les gens les dessinent soit de longueur égale, soit, comme dans le cas de mon exemple d’arbre ici, comme tous les flush de fin. Si vous ne savez pas si vous avez affaire à un cladogramme, il peut être utile de vérifier s’il y a une barre d’échelle sur le diagramme. S’il n’y en a pas, c’est probablement un cladogramme.

cependant, l’auteur peut toujours choisir de mettre des tiques sur les branches du cladogramme pour illustrer où les changements de caractères ont eu lieu., Dans ce cas, vous aurez les mêmes informations que celles fournies par le phylogramme (voir ci-dessous) mais sans longueurs de branche significatives, vous avez donc toujours affaire à une vue cladogramme de l’arbre.
S’ils sont si peu informatifs, alors pourquoi les cladogrammes sont-ils utilisés? Pour autant que je sache, dans la pratique contemporaine, cela n’a rien à voir avec le rejet dogmatique supposé des cladistes des ancêtres. Les vues de cladogramme sont utilisées de manière pragmatique dans les publications phylogénétiques lorsque montrer de vraies longueurs de branches conduirait à un arbre très désordonné et déroutant ou lorsqu’il n’y a pas de longueurs de branches significatives., Ce dernier est le cas des arbres de consensus résumant un certain nombre d’arbres tout aussi parcimonieux ou les résultats du bootstrapping ou du jackknifing. Chacun des arbres dont ils sont le consensus avait des longueurs de branches, mais l’arbre de consensus lui-même ne montre que les relations sur lesquelles ils sont d’accord. Il n’a pas de longueurs de branche bien définies en soi.
Phylogrammes

Un phylogramme est un arbre phylogénétique dont la longueur des branches est proportionnelle au nombre de changements de caractères déduits le long des branches., Si l’arbre que vous regardez a des branches qui ne se terminent pas au ras et une barre d’échelle, vous avez probablement affaire à un phylogramme.
Si les longueurs des branches sont multiples d’un, il est plus parcimonieux de supposer que l’arbre est le résultat d’une analyse parcimonieuse. Une longueur d’un signifie Alors qu’un changement de caractère a eu lieu le long de la branche, deux signifie deux, et ainsi de suite. Si les longueurs des branches sont de minuscules fractions d’une, de l’ordre de 0,004, l’arbre est très probablement le résultat d’une analyse de vraisemblance ou Bayésienne. La longueur signifie Alors quelle fraction des caractères a changé le long de la branche., Je ne sais pas pourquoi la parcimonie et les phylogénies basées sur des modèles ont des conventions si différentes, mais si vous voulez les rendre directement comparables, vous devez simplement multiplier toutes les longueurs de branche dans l’arbre de probabilité avec le nombre de caractères dans la matrice de données d’origine.
notez que dans une vue phylogramme une branche de longueur zéro indique que l’ancêtre commun en dessous de cette branche a été reconstruit pour avoir les mêmes caractères que le descendant à la fin de la branche., Dans mon exemple d’arbre, L’ancêtre commun de Planta arvensis et de Planta vulgaris aurait été indiscernable de Planta arvensis par le jeu de caractères utilisé dans l’analyse. Un systématiste  » évolutionnaire « est maintenant libre de tirer un » ce chimpanzé là-bas est mon ancêtre  » et de considérer Planta arvensis comme l’ancêtre de Planta vulgaris. Je ne pense pas que cela ait du sens, mais le fait est que c’est une question d’approches de classification. Il ne s’agit pas d’arbres phylogénétiques ou d’analyses cladistiques en tant que telles ne permettant pas cette interprétation.,
Chronograms

Un chronogramme est un arbre phylogénétique dont la branche les longueurs sont proportionnelles aux temps. Si l’arbre que vous regardez est ultramétrique, c’est-à-dire que toutes les branches se terminent à ras, et qu’il a une barre d’échelle pleine longueur, vous avez peut-être affaire à un chronogramme. Si la barre d’échelle est en unités de  » Myr  » ou tel et commence par zéro dans le présent, vous avez certainement affaire à un chronogramme.,
certains chronogrammes peuvent ne pas être ultramétriques car ils contiennent des espèces éteintes, mais le genre d’analyse de fantaisie qui produit ces types d’arbres est encore rarement utilisé, notamment parce que de nombreux groupes n’ont pas de fossiles décents disponibles de toute façon.
Phénogrammes
Un autre terme que vous pouvez rencontrer est phénogramme, mais celui-ci ne concerne pas la signification des longueurs de branche. Beaucoup de systématistes ne considèrent pas le clustering par similarité comme ayant une véritable logique phylogénétique alors que d’autres ne sont pas d’accord et le considèrent simplement comme un autre outil dans la boîte à outils phylogénétique., Les premiers utilisent donc le phénogramme pour différencier les résultats des analyses phénétiques basées sur la distance et le regroupement des arbres phylogénétiques résultant de ce qu’ils considèrent comme des analyses phylogénétiques réelles. De même, on appellerait alors un groupe dans un phénogramme un cluster par opposition à un clade, réservant ce dernier mot aux arbres phylogénétiques.
aucune plante n’a été blessée dans la fabrication de ce poste. FigTree a été utilisé pour produire les arbres d’exemple.