Deze post heeft twee motivaties. Ten eerste kan het dienen als een toekomstig referentiepunt als ik weer boomtypen moet noemen, en natuurlijk kan het via de zoekmachine worden gevonden door iedereen die dit spul moet opzoeken. De tweede is mijn recente observatie dat sommige ‘evolutionaire’ systematici de neiging hebben om alle fylogenetische bomen cladogrammen te noemen, misschien combinerende manieren van het weergeven van evolutionaire relaties met hun dubieuze claim dat cladisten het bestaan van voorouders niet accepteren., Ik wil graag van de gelegenheid gebruik maken om de verschillende manieren uit te leggen waarop we bomen kunnen tekenen, wat ze betekenen en wat een cladogram werkelijk is.fylogenetische bomen zijn eenvoudige niet-cyclische grafieken die terminals verbinden-vaak soorten-om te laten zien hoe de terminals gerelateerd zijn. In soorten bomen, de interne internodes zijn gemeenschappelijke voorouders, en de knooppunten waar takken elkaar ontmoeten zijn speciatie gebeurtenissen. In genbomen, zouden zij voorouderlijke allelen en mutatiegebeurtenissen, respectievelijk zijn.de oudste echte fylogenetische boom werd misschien wel getekend door Charles Darwin in zijn notitieboekje, het beroemde “I think” diagram., Maar het was in dat geval een abstract model om hem te helpen gemeenschappelijke afkomst voor zichzelf te visualiseren, nog geen concrete hypothese over specifieke organismen.

dus we hebben een tree die terminals verbindt. Verder ga ik ervan uit dat de boom uit de groep geworteld is, zodat hij een expliciete richting heeft: in de volgende voorbeelden, de pijl van tijdpunten van links naar rechts. Het kan anders zijn., Alles wat volgt zou net zo goed werken als de bomen 90 graden gedraaid werden en de pijl van de tijd van onder naar boven wees, of als de boom cirkelvormig was zoals in het geval van Darwin ‘ s schets. Waar dit bericht over gaat is gewoon wat de tak lengtes op het boomdiagram betekenen, als er iets is.
Cladogrammen

de minst informatieve manier om een fylogenetische boom af te beelden is als een cladogram. Het laat alleen zien hoe de terminals worden verondersteld gerelateerd te zijn, niets anders., De tak lengtes zijn zinloos en kunnen worden getrokken met willekeurige lengte. Maar om aan te tonen dat dit het geval is, tekenen mensen ze in de praktijk ofwel even lang of, zoals in het geval van mijn voorbeeld boom hier, als alle eindigende flush. Als u niet zeker weet of u te maken hebt met een cladogram, kan het nuttig zijn om te controleren of er een schaalbalk op het diagram. Zo niet, dan is het waarschijnlijk een cladogram.

echter, de auteur kan er nog steeds voor kiezen om teken op de cladogramtakken te plaatsen om te illustreren waar karakterveranderingen plaatsvonden., In dat geval heb je dezelfde informatie als het fylogram (zie hieronder) maar zonder betekenisvolle taklengtes, dus heb je nog steeds te maken met een cladogram weergave van de boom.
als ze zo oninformatief zijn, waarom worden dan cladogrammen gebruikt? Voor zover ik kan zien, heeft het in de hedendaagse praktijk niets te maken met cladisten’ veronderstelde dogmatische afwijzing van voorouders. Cladogram weergaven worden pragmatisch gebruikt in fylogenetische publicaties wanneer het tonen van ware tak lengtes zou leiden tot een zeer slordig en verwarrend uitziende boom of wanneer er geen zinvolle tak lengtes., Dit laatste is het geval met consensusbomen die een aantal even Zuinige bomen samenvatten of de resultaten van bootstrapping of jackknifing. Elk van de bomen ze zijn de consensus van had tak lengtes, maar de consensus boom zelf toont alleen welke relaties ze het eens over. Het heeft op zichzelf geen goed gedefinieerde taklengtes.
Fylogrammen

een fylogenetische boom is een fylogenetische boom waarvan de lengte van de tak evenredig is met het aantal karakterveranderingen dat langs de takken is afgeleid., Als de boom waar je naar kijkt takken heeft die niet flush en een schaalbalk eindigen, heb je waarschijnlijk te maken met een fylogram.
als de vertakkingslengten veelvouden van één zijn, is het zeer spaarzaam om aan te nemen dat de boom het resultaat is van een spaarzame analyse. Een lengte van één betekent dan dat één karakterverandering plaatsvond langs de tak, twee betekent twee, enzovoort. Als de taklengtes kleine fracties van één zijn, in de Orde van 0,004, is de boom hoogstwaarschijnlijk het resultaat van een waarschijnlijkheid of Bayesiaanse analyse. De lengte betekent dan welk deel van de karakters veranderd langs de tak., Ik heb geen idee waarom parsimony en model-gebaseerde fylogenieën zulke verschillende conventies hebben, maar als je ze direct vergelijkbaar wilt maken, hoef je alleen maar alle taklengtes in de waarschijnlijkheidsboom te vermenigvuldigen met het aantal tekens in de oorspronkelijke data matrix.
merk op dat in een fylogramweergave een tak van nul lengte aangeeft dat de gemeenschappelijke voorouder onder die tak is gereconstrueerd om dezelfde karakters te hebben als de afstammeling aan het einde van de tak., In mijn voorbeeld tree zou de gemeenschappelijke voorouder van Planta arvensis en Planta vulgaris niet te onderscheiden zijn van Planta arvensis door de tekenset die gebruikt werd in de analyse. Een ‘evolutionaire’ systematist is nu vrij om een “deze chimpansee daar is mijn voorouder” te trekken en Planta arvensis te beschouwen als de voorouder van Planta vulgaris. Ik denk niet dat dat zinvol is, maar het punt is dat dit een kwestie is van benaderingen van classificatie. Het is geen kwestie van fylogenetische bomen of cladistische analyses als zodanig die deze interpretatie niet toelaten.,
Chronogrammen

een chronogram is een fylogenetische boom waarvan de lengte van de tak evenredig is met de tijd. Als de boom die u bekijkt is ultrametrisch, dat is alle takken einde flush, en het heeft een full-length schaalbalk, kunt u te maken hebben met een chronogram. Als de schaalbalk is in eenheden van ” Myr ” of dergelijke en begint met nul in het heden bent u zeker te maken met een chronogram.,sommige chronogrammen zijn misschien niet ultrametrisch omdat ze uitgestorven soorten bevatten, maar het soort fancy analyse dat dit soort bomen produceert wordt nog steeds zelden gebruikt, niet in het minst omdat veel groepen toch geen fatsoenlijke fossielen beschikbaar hebben.
Fenogrammen
Een andere term die je tegenkomt is fenogram, maar deze gaat niet over de Betekenis van vertakkingslengtes. Vele systematists overwegen niet het clusteren door gelijkenis om een ware phylogenetic logica te hebben terwijl anderen het oneens zijn en het eenvoudig een ander hulpmiddel in de phylogentic gereedschapskist overwegen., De eerste dienovereenkomstig gebruik phenogram om de resultaten van afstand te differentiëren gebaseerd, clustering, phenetic analyses van de phylogenetic bomen als gevolg van wat zij overwegen om daadwerkelijke phylogenetic analyses te zijn. Op dezelfde manier zou men dan een groep in een fenogram een cluster in tegenstelling tot clade noemen, die het laatste woord voor fylogenetische bomen reserveert.bij het maken van deze post werden geen planten geschaad. FigTree werd gebruikt om de voorbeeldbomen te produceren.