Ez a bejegyzés Két motivációval rendelkezik. Először is, ez egy jövőbeli referenciapontként szolgálhat, ha újra meg kell említenem a fájltípusokat, és természetesen megtalálható a keresőmotoron keresztül bárki, akinek meg kell vizsgálnia ezt a dolgot. A második az a legutóbbi megfigyelésem, hogy néhány “evolúciós” rendszerező hajlamos arra, hogy minden filogenetikai fát kladogramnak nevezzen, talán ellentétes módon az evolúciós kapcsolatok megjelenítésére kétes állításukkal, miszerint a kladisták nem fogadják el az ősök létezését., Szeretném megragadni az alkalmat, hogy elmagyarázzam, hogyan rajzolhatunk fákat, mit jelentenek, és milyen valójában egy kladogram.
a filogenetikai fák egyszerű, nem ciklikus grafikonok, amelyek összekötik a terminálokat-gyakran fajokat -, hogy megmutassák, hogyan kapcsolódnak a terminálok. A fajfákban a belső internodák közös ősök, a csomópontok, ahol az ágak találkoznak, speciációs események. A génfákban ősi allélok, illetve mutációs események lennének.
talán a legrégebbi valóban filogenetikai fát Charles Darwin rajzolta jegyzetfüzetében, a híres “azt hiszem” diagramban., De ebben az esetben egy absztrakt modell segített neki elképzelni magának a közös származást, még nem konkrét hipotézis semmilyen konkrét organizmusról.

tehát van egy fa összekötő terminálja. Azt is feltételezem, hogy a fa túl vancsoportos gyökerekkel, így kifejezett irányítottsága van: a következő példákban az idő nyíl balról jobbra mutat. Lehet, hogy más., Mindez ugyanúgy működne, ha a fákat 90 fokkal elfordítanák, és az idő nyílja alulról felfelé mutatna, vagy ha a fa kör alakú lenne, mint Darwin vázlata esetében. Ez a bejegyzés egyszerűen arról szól, hogy mit jelent a fa diagram ághossza, ha bármi.
Cladograms

a filogenetikus fa ábrázolásának legkevésbé informatív módja kladogram. Csak azt mutatja, hogy a terminálok hogyan kapcsolódnak egymáshoz, semmi más., Az ághossz értelmetlen, tetszőleges hosszúságú lehet. De megmutatni, hogy ez a helyzet, a gyakorlatban az emberek húzzák őket vagy egyenlő hosszúságú, vagy, mint abban az esetben az én példa fa itt, mint minden végződő flush. Ha nem biztos benne, hogy kladogrammal foglalkozik-e, hasznos lehet ellenőrizni, hogy van-e skálasáv a diagramon. Ha nincs, akkor valószínűleg kladogram.
a szerző azonban továbbra is dönthet úgy, hogy kullancsokat helyez a kladogram ágaira, hogy bemutassa, hol történt a karakterváltozás., Ebben az esetben ugyanazokkal az információkkal rendelkezik, mint a phylogram (lásd alább), de értelmes ághossz nélkül, így továbbra is a fa kladogram nézetével foglalkozik.

Ha annyira informatívak, akkor miért használják egyáltalán a kladogramokat? Amennyire meg tudom mondani, a mai gyakorlatban ennek semmi köze sincs a kladisták állítólagos dogmatikus elutasításához. A kladogram nézeteket pragmatikusan használják filogenetikai kiadványokban, amikor a valódi ághossz megmutatása nagyon rendetlen és zavaró kinézetű fát eredményez, vagy ha nincs értelmes ághossz., Ez utóbbi a helyzet a konszenzusos fák esetében, amelyek számos ugyanolyan parsimonious fát összegeznek, vagy a bootstrapping vagy jackknifing eredményeit. Mindegyik fák azok a konszenzus volt ág hossza, de a konszenzus fa maga azt mutatja, csak milyen kapcsolatokat értenek egyet. Önmagában nem rendelkezik jól meghatározott ághosszokkal.
Phylograms

a phylogram egy filogenetikus fa, amelynek ághossza arányos azzal, hogy az ágak mentén hány karakterváltozásra következtettek., Ha a fának, amit néz, olyan ágai vannak, amelyek nem érnek véget, és egy méretarány, akkor valószínűleg egy phylogrammal foglalkozik.
Ha az ághossz többszöröse egynek, akkor a legfélelmetesebb feltételezni, hogy a fa egy parsimony elemzés eredménye. Az egyik hossza azt jelenti, hogy egy karakterváltozás történt az ág mentén, kettő kettőt jelent, stb. Ha az ág hossza egy apró frakció, 0,004-es sorrendben, akkor a fa valószínűleg valószínűség vagy Bayes-elemzés eredménye. A hossz azt jelenti, hogy a karakterek hány százaléka változott az ág mentén., Fogalmam sincs, miért parsimony modell-alapú phylogenies ilyen különböző egyezmények, de ha azt szeretnénk, hogy azok közvetlenül összehasonlítható csupán szorozd meg minden ág hosszúságban a valószínűsége fa, a karakterek száma az eredeti adatok mátrix.
vegye figyelembe,hogy egy phylogram nézetben egy nulla hosszúságú ág azt jelzi, hogy az ág alatti közös őst rekonstruálták, hogy ugyanazok a karakterek legyenek, mint az ág végén lévő leszármazott., A példafában A Planta arvensis és a Planta vulgaris közös őse megkülönböztethetetlen lett volna a Planta arvensis-től az elemzésben használt karakterkészlet alapján. Az “evolúciós” rendszertan most szabadon húzhat egy “ez a csimpánz ott van az ősöm” – et, és úgy tekintheti, hogy a Planta arvensis A Planta vulgaris őse. Nem hiszem, hogy van értelme, de a lényeg az, hogy ez a besorolás megközelítésének kérdése. Nem filogenetikai fákról vagy kladisztikus elemzésekről van szó, mivel ezek nem teszik lehetővé ezt az értelmezést.,
Chronograms

a kronogram egy filogenetikai fa, amelynek ághossza az idővel arányos. Ha a fa, amit néz, ultrametriás, azaz minden ág vége flush, és van egy teljes hosszúságú skála bár, akkor lehet, hogy foglalkozik a kronogram. Ha a skála sáv “Myr” vagy ilyen egységekben vanmint a jelenben nullával kezdődik, akkor határozottan kronogrammal foglalkozik.,
egyes kronogramok nem feltétlenül ultrametriásak, mert kihalt fajokat tartalmaznak, de az ilyen típusú fákat előállító divatos elemzést még mindig ritkán használják, nem utolsósorban azért, mert sok csoportnak nincs tisztességes fosszíliája.
Phenograms
Egy másik kifejezés, amelybe belefuthat, a fenogram, de ez nem az ág hosszának jelentéséről szól. Sok rendszerező nem tartja úgy, hogy a hasonlósággal történő klaszterezés valódi filogenetikai logikával rendelkezik, míg mások nem értenek egyet, és egyszerűen egy másik eszköznek tekintik a filogenetikai eszköztárban., Az előbbi ennek megfelelően fenogramot használ a távolság alapú, klaszterezés, fenetikai elemzések eredményeinek megkülönböztetésére a filogenetikai fáktól, amelyek a tényleges filogenetikai elemzéseknek tekinthetők. Hasonlóképpen, egy fenogramban egy csoportot klaszternek neveznénk, szemben a kláddal, fenntartva az utóbbi szót filogenetikai fákra.
a poszt elkészítésekor egyetlen növény sem sérült meg. FigTree használták, hogy készítsen a példa fák.