tento příspěvek má dvě motivace. Za prvé, může sloužit jako budoucí referenční bod, pokud potřebuji znovu zmínit typy stromů, a samozřejmě to může najít prostřednictvím vyhledávače kdokoli, kdo potřebuje tyto věci vyhledat. Druhá je mé nedávné zjištění, že některé „evolučního“ systematists mají tendenci volat všechny fylogenetické stromy třeba v kladogramech, možná narážím na způsoby zobrazení evoluční vztahy s jejich pochybné tvrzení, že cladists nepřijímají existenci předků., Chtěl bych využít příležitosti k vysvětlení různých způsobů, jak můžeme kreslit stromy, co znamenají a co je vlastně kladogram.
fylogenetické stromy jsou jednoduché necyklické grafy spojující terminály-často druhy -, které ukazují, jak jsou terminály příbuzné. U druhových stromů jsou vnitřní internody běžnými předky a uzly, kde se setkávají větve, jsou speciační události. V genových stromech by to byly rodové alely a mutační události.
snad nejstarší skutečně fylogenetický strom nakreslil Charles Darwin ve svém notebooku, slavném diagramu „myslím“., Ale v tom případě to byl abstraktní model, který mu pomohl představit si pro sebe společný sestup, dosud konkrétní hypotézu o konkrétních organismech.

takže máme terminály pro připojení stromu. Dále předpokládám, že strom je mimoskupinové kořeny, takže má explicitní směrovost: v následujících příkladech šipka času ukazuje zleva doprava. Mohlo by to být jiné., Vše, co následuje, by fungovalo stejně dobře, kdyby byly stromy otočeny o 90 stupňů a šipka času ukázala zdola nahoru, nebo kdyby byl strom Kruhový jako v případě Darwinova náčrtu. O čem tento příspěvek je, je prostě to, co znamenají délky větví na stromovém diagramu, pokud něco.
třeba v kladogramech

nejméně informativní způsob, jak líčit fylogenetický strom je jako kladogramu. Vše, co ukazuje, je, jak se předpokládá, že terminály jsou příbuzné, nic jiného., Délky větví jsou bezvýznamné a mohou být kresleny libovolnou délkou. Ale ukázat, že tomu tak je, v praxi je lidé kreslí buď stejnou délkou, nebo, jako v případě mého příkladu stromu zde, jako všechny končící flush. Pokud si nejste jisti, zda máte co do činění s cladogram, to by mohlo být užitečné zkontrolovat, zda je měřítko bar na diagramu. Pokud tomu tak není, je to pravděpodobně cladogram.
autor se však může stále rozhodnout umístit klíšťata na větve cladogramu, aby ilustroval, kde došlo ke změnám znaků., V tomto případě, budete mít stejné informace jako poskytována phylogram (viz níže), ale bez smysluplné větev délky, takže jste stále co do činění s kladogramu zobrazení stromu.

pokud jsou tak neinformativní, proč se kladogramy vůbec používají? Pokud vím, v současné praxi to nemá nic společného s údajným dogmatickým odmítnutím kladistů předky. Kladogramu názory jsou pragmaticky používá v fylogenetický publikace, když ukazuje pravou větev délky by vést k velmi neuspořádaný a nepřehledný strom, nebo když tam nejsou žádné smysluplné větev délky., Ta je v případě shody stromy shrnující řadu stejně střídmá stromy nebo výsledky bootstrapping, nebo vaně. Každý ze stromů, které jsou konsensem, měl délky větví, ale samotný konsensus strom ukazuje pouze to, na jakých vztazích se shodují. Sama o sobě nemá dobře definované délky větví.
Phylograms

phylogram je fylogenetický strom, jehož větev délky jsou úměrná tomu, jak mnoho znaků změny byly odvozeny podél větví., Pokud strom, na který se díváte, má větve, které nekončí flush a měřítko, s největší pravděpodobností se jedná o fylogram.
pokud jsou délky větví násobky jedné, je nejpodařenější předpokládat, že strom je výsledkem analýzy parsimony. Délka jednoho pak znamená, že jedna změna znaku se konala podél větve, dva znamená dva, a tak dále. Pokud jsou délky větví malé zlomky jednoho, v řádu 0,004, strom je s největší pravděpodobností výsledkem pravděpodobnosti nebo Bayesovské analýzy. Délka pak znamená, Jaký zlomek znaků se změnil podél větve., Nemám tušení, proč šetrnosti a model-based phylogenies mají takové různé konvence, ale pokud chcete, aby se jim přímo srovnatelné pouze muset vynásobit všechny pobočky délek pravděpodobnost strom s počtem znaků v původní datové matice.
Všimněte si, že v phylogram zobrazení nulové délky větev ukazuje, že společný předek níže, že pobočka byla rekonstruována mít stejné znaky jako potomek na konci větve., V mém příkladu strom, společný předek Planta arvensis a Planta vulgaris by byl nerozeznatelný od Planta arvensis podle znakové sady použité v analýze. „Evoluční“ Systematik má nyní možnost vytáhnout „tento šimpanz tam je můj předek“ a považovat Planta arvensis za předka Planta vulgaris. Nemyslím si, že to dává smysl, ale jde o to, že je to otázka přístupů k klasifikaci. Není to otázka fylogenetických stromů nebo kladistických analýz jako takových, které tuto interpretaci neumožňují.,
Chronograms

památkami je fylogenetický strom, jehož větev délky jsou úměrné času. Pokud je strom, na který se díváte, ultrametrický, to jsou všechny větve end flush a má celou délku stupnice, můžete se zabývat chronogramem. Pokud je měřítko v jednotkách “ Myr “ nebo takovýchjako a začíná nulou v současnosti, určitě se zabýváte chronogramem.,
Některé chronograms nemusí být ultrametric, protože obsahují vyhynulý druh, ale druh fantazie analýzy, která produkuje tyto druhy stromů se stále používá jen zřídka, v neposlední řadě proto, že mnoho skupin nemají slušné zkameněliny k dispozici tak jako tak.
Fenogramy
dalším termínem, na který můžete narazit, je fenogram, ale tento není o významu délek větví. Mnoho systematiků nepovažuje shlukování podobností za skutečnou fylogenetickou logiku, zatímco jiní nesouhlasí a považují ji za další nástroj ve fylogentické sadě nástrojů., Bývalý odpovídajícím způsobem použít phenogram rozlišovat výsledky založené na vzdálenost, shlukování, phenetic analýz z fylogenetických stromů vyplývající z toho, co považují za skutečné fylogenetické analýzy. Podobně, jeden by pak nazval skupinu ve fenogramu cluster na rozdíl od clade, vyhrazení druhého slova pro fylogenetické stromy.
při tvorbě tohoto příspěvku nebyly poškozeny žádné rostliny. FigTree byl použit k výrobě příklad stromů.