this post has two motivations. Primeiro, ele pode servir como um ponto de referência futuro se eu precisar mencionar tipos de árvore novamente, e é claro que ele pode ser encontrado através do motor de busca por qualquer um que precisa olhar para cima essas coisas. A segunda é a minha observação recente de que alguns sistematistas “evolucionários” têm a tendência de chamar cladogramas a todas as árvores filogenéticas, talvez confundindo formas de mostrar relações evolucionárias com a sua afirmação dúbia de que os cladistas não aceitam a existência de antepassados., Gostaria de aproveitar a oportunidade para explicar as diferentes formas como podemos desenhar árvores, o que elas significam, e o que é realmente um cladograma.árvores filogenéticas são simples grafos não cíclicos conectando terminais-muitas vezes espécies-para mostrar como os terminais estão relacionados. Em espécies de árvores, os internodos internos são ancestrais comuns, e os nós onde os ramos se encontram São eventos de especiação. Nas árvores genéticas, seriam alelos ancestrais e eventos de mutação, respectivamente.talvez a árvore verdadeiramente filogenética mais antiga tenha sido desenhada por Charles Darwin em seu caderno, o famoso Diagrama “I think”., Mas foi nesse caso um modelo abstrato para ajudá-lo a visualizar para si uma descendência comum, ainda não uma hipótese concreta sobre qualquer organismo específico.

então temos um terminal de ligação de árvores. Parto ainda do princípio de que a árvore está enraizada fora do grupo, de modo a ter uma direccionalidade explícita: nos exemplos seguintes, a seta dos pontos temporais da esquerda para a direita. Pode ser diferente., Tudo o que se segue funcionaria tão bem se as árvores fossem giradas em 90 graus e a seta do tempo apontada de baixo para cima, ou se a árvore fosse circular como no caso do sketch de Darwin. O que este post é sobre é simplesmente o que os comprimentos do ramo no diagrama da árvore significam, se alguma coisa.
Cladograms

Os menos informativos forma de representar uma árvore filogenética é como um cladogram. Tudo o que mostra é como os terminais são considerados relacionados, nada mais., Os comprimentos dos ramos são insignificantes e podem ser desenhados com comprimento arbitrário. Mas para mostrar que é esse o caso, na prática as pessoas desenham-nos de igual comprimento ou, como no caso da minha árvore de exemplo aqui, como todos os finais flush. Se não tiver a certeza se está a lidar com um cladograma, pode ser útil verificar se existe uma barra de escala no diagrama. Se não há, deve ser um cladograma.no entanto, o autor ainda pode optar por colocar carrapatos nos ramos do cladograma para ilustrar onde mudanças de caráter ocorreram., Nesse caso, você terá a mesma informação fornecida pelo phylogram (veja abaixo), mas sem comprimentos significativos de ramos, então você ainda está lidando com uma vista de cladograma da árvore.se eles são tão desinformativos, então por que os cladogramas são usados? Tanto quanto sei, na prática contemporânea nada tem a ver com a suposta rejeição dogmática dos antepassados por parte dos cladistas. Vistas de cladograma são pragmaticamente usadas em publicações filogenéticas quando mostrar o comprimento verdadeiro dos ramos levaria a uma árvore de aparência muito desordenada e confusa ou quando não há comprimento significativo dos ramos., Este último é o caso das árvores consensuais que resumem um certo número de árvores igualmente parsimónicas ou os resultados das depurações de arranque ou das fissuras. Cada uma das árvores é o consenso de que tinha comprimento de ramo, mas a árvore de consenso em si mostra apenas quais as relações que eles concordam. Não tem o comprimento de ramo bem definido por si só.

Phylograms

Um phylogram é uma árvore filogenética cujo ramo comprimentos são proporcionais a quantos caracteres alterações foram inferidos ao longo dos ramos., Se a árvore que você está olhando tem ramos que não terminam flush e uma barra de escala você está provavelmente lidando com um phylogram.se os comprimentos dos ramos são múltiplos de um, é mais parsimônico assumir que a árvore é o resultado de uma análise parsimônica. Um comprimento de um significa então que uma mudança de personagem ocorreu ao longo do ramo, dois significa dois, e assim por diante. Se os comprimentos dos ramos são frações minúsculas de um, na ordem de 0,004, a árvore é mais provável o resultado de uma probabilidade ou análise bayesiana. O comprimento significa então que fração dos caracteres mudou ao longo do ramo., Eu não tenho nenhuma idéia por que parsimonia e filogenias baseadas em modelos têm convenções tão diferentes, mas se você quiser torná-las diretamente comparáveis você simplesmente tem que multiplicar todos os comprimentos de ramos na árvore de probabilidade com o número de caracteres na matriz de dados originais.
Note que em uma vista filogram um ramo de tamanho zero indica que o ancestral comum abaixo desse ramo foi reconstruído para ter os mesmos caracteres que o descendente no final do ramo., Na minha árvore de exemplo, o ancestral comum da Planta arvensis e da Planta vulgaris teria sido indistinguível da Planta arvensis pelo conjunto de caracteres usado na análise. Um sistematista ‘evolutivo’ é agora livre para puxar um “este chimpanzé ali é meu ancestral” e considerar Planta arvensis como o ancestral da Planta vulgaris. Não creio que isso faça sentido, mas a questão é que se trata de abordagens à classificação. Não é uma questão de árvores filogenéticas ou análises cladísticas como tal, não permitindo esta interpretação.,
Chronograms

Um cronograma é uma árvore filogenética cujo ramo comprimentos são proporcionais ao tempo. Se a árvore que você está olhando é ultrametric, que é todos os ramos terminar flush, e tem uma barra de escala completa, você pode estar lidando com um cronograma. Se a barra de escala está em unidades de ” Myr ” ou algo parecido e começa com zero no presente você está definitivamente lidando com um cronograma.,alguns cronogramas podem não ser ultramétricos porque contêm espécies extintas, mas o tipo de análise fina que produz estes tipos de árvores ainda é raramente usado, até porque muitos grupos não têm fósseis decentes disponíveis de qualquer forma.outro termo que você pode encontrar é fenograma, mas este não é sobre o Significado de comprimentos de ramos. Muitos sistematistas não consideram o agrupamento por similaridade ter uma verdadeira lógica filogenética, enquanto outros discordam e consideram simplesmente outra ferramenta na caixa de ferramentas filogenética., O primeiro, portanto, usa fenograma para diferenciar os resultados da distância baseada, agrupamento, análises fenéticas das árvores filogenéticas resultantes do que eles consideram ser análises filogenéticas reais. Da mesma forma, se chamaria um grupo em um fenograma um aglomerado em oposição ao clado, reservando a última palavra para árvores filogenéticas.nenhuma planta foi danificada na fabricação deste posto. Figuree foi usado para produzir o exemplo de árvores.