이 게시물에는 두 가지 부작용을 낳았습니다. 첫째로,그것은 역할을 할 수 있습으로 나중에 참조 포인트가 필요한 경우에는 언급하는 나무 유형을 다시,그리고 물론 그것을 찾을 수 있습을 통한 검색 엔진에 의해 사람을 필요합니다. 두 번째는 최근 관찰하는’진화’systematists 는 경향이 있을 부르는 모든 계통 나무 cladograms,아마도 conflating 방법으로 표시하는 진화의 관계와 그들의 반신반의하는 것을 주장 cladists 받아들이지 않는 존재의 조상입니다., I would like to take the 의 기간을 정하여 소명할 기회를 부여 다른 방법으로 우리가 그릴 수 있습니다 나무,그들이 무엇을 의미,그리고 무엇 cladogram 정말입니다.
계통 발생 나무는 터미널이 어떻게 관련되어 있는지를 보여주기 위해 터미널-종종 종-을 연결하는 간단한 비 주기적 그래프입니다. 종 나무에서 내부 internodes 는 공통 조상이며,가지가 만나는 노드는 speciation 이벤트입니다. 유전자 나무에서,그들은 각각 조상 대립 유전자와 돌연변이 사건 일 것이다.
아마도 가장 오래된 진정한 계통 발생 나무는 그의 노트북 인 유명한”i think”다이어그램에서 Charles Darwin 에 의해 그려 졌을 것입니다., 하지만 그것은 경우에 추상적인 모델에 그를 도와 시각화를 위해 자신이 일반적인 하강하지 아직 구체적인 가설에 대해 어떤 특정한 유기체.

그래서 우리는 우리가 나무를 연결하는 터미널이 있습니다. 나는 것입니다 또한 가정은 나무가 outgroup 뿌리,그래서 그것을 명시적으로 방향성:다음 예에서,화살표의 시간 지점 왼쪽에서 오른쪽에 있습니다. 그것은 다를 수 있습니다., 그 다음 모든 작업 단지뿐만 아니라면 나무들이 90 도와 화살표의 시간 지적 아래에서 위로하는 경우,또는 나무가 원형으로서의 경우 다윈의 스케치합니다. 이 게시물에 관한 것은 단순히 트리 다이어그램의 분기 길이가 의미하는 것입니다.
Cladograms

도 유익한 방법의 묘사 계통수입으로 cladogram. 그것이 보여주는 모든 것은 터미널이 관련되어 있다고 가정하는 방법이며,다른 것은 없습니다., 분기 길이는 의미가 없으며 임의의 길이로 그릴 수 있습니다. 하지만 보는 이 경우,실제로 사람들을 끌어들이거나 같은 길이나,경우와 같이 나의 예로 나무는 여기에,모든 종료됩니다. 클래도 그램을 다루고 있는지 확실하지 않은 경우 다이어그램에 눈금 막대가 있는지 확인하는 것이 유용 할 수 있습니다. 없는 경우,그것은 아마 cladogram 입니다.
그러나 저자는 여전히 문자 변경이 일어난 위치를 설명하기 위해 cladogram 지점에 진드기를 넣도록 선택할 수 있습니다., 는 경우에,당신은 당신과 같은 정보를 제공하 phylogram(아래 참고)그러나지 않고 의미있는 지점 길이,그래서 당신은 여전히 다루고 cladogram 의 나무입니다.
그들이 그렇게 유익하지 않다면,왜 cladograms 가 전혀 사용됩니까? 내가 말할 수있는 한,현대의 실천에서 그것은 조상에 대한 cladists 의 가정 된 독단적 인 거부와는 아무런 관련이 없다. Cladogram 망는 실용적으로 사용 phylogenetic 간행물을 때 보여주는 진정한 지점 길이로 이어질 것을 매우 지저분하고 혼란을 찾고 나무거나가있는 경우에는 아무 의미있는 지점이 있다., 후자는 동등한 양서 나무 또는 부트 스트래핑 또는 잭크 니핑의 결과를 요약 한 컨센서스 트리의 경우입니다. 그들이 합의한 나무들 각각은 가지 길이를 가졌지 만 합의 나무 자체는 그들이 동의하는 관계만을 보여줍니다. 자체적으로 잘 정의 된 분기 길이가 없습니다.
Phylograms

phylogram 은 계통수의점 길이에 비례하는 방법은 캐릭터 변경되었을 추론을 함께 가지입니다., 으면 나무에서 찾고 있다는 가지 끝나지 않는 플러시 그리고 규모를 줄 당신은 대부분을 다루고 phylogram.
분기 길이가 1 의 배수 인 경우 트리가 양서 분석의 결과라고 가정하는 것이 가장 양서적입니다. 의 길이가 다음 중 하나는 것을 의미 하나의 문자를 변경했 따라지,두 가지 방법을 두고. 분기 길이가 하나의 작은 분수 인 경우 0.004 의 순서로 트리는 우도 또는 베이지안 분석의 결과 일 가능성이 큽니다. 그런 다음 길이는 문자를 분기를 따라 변경 한 부분을 의미합니다., 내가 왜 간결하고 모델 기반자 인터페가 같은 다른 규칙을,하지만 당신은 그들이 직접 비교 당신은 단지 당신을 곱하기 모든 지점 길이에서 가능성을 나무와 숫자의 캐릭터에서 원본 데이터 매트릭스입니다.
주는 phylogram 기 제 길이점을 나타내는 일반적인 상위 아래에는 기획전시실로 구성되어 있으며 동일한 문자 하위 항목으로의 끝에서 분기., 내 예제 트리에서 Planta arvensis 와 Planta vulgaris 의 공통 조상은 분석에 사용 된 문자 집합에 의해 Planta arvensis 와 구별 할 수 없었을 것입니다. ‘진화론 적’체계 주의자는 이제”이 침팬지가 내 조상”을 끌어 당기고 Planta arvensis 를 Planta vulgaris 의 조상으로 간주 할 자유가 있습니다. 나는 그것이 의미가 있다고 생각하지 않지만,요점은 이것이 분류에 대한 접근 방식의 문제이다. 이 해석을 허용하지 않는 것과 같은 계통 발생 나무 또는 클라디즘 분석의 문제가 아닙니다.,
Chronograms

chronogram 은 계통수의점 길이에 비례하는 시간입니다. 으면 나무에서 찾고 있 ultrametric,는 모든 지점 끝에 플러시,그리고 그것을 풀 길이의 규모를 줄 수 있습을 다루고 chronogram. 는 경우에 스케일 바에서는 단위의”Myr”또는 이와 같은 시작으로 현재에서 당신은 확실히 다루고 chronogram.,
일부 chronograms 되지 않을 수 있습 ultrametric 이 포함되어 있기 때문에 멸종하지만,종류의 멋진 분석을 생성하는 이러한 종류의 나무가 아직도 거의 사용하지 않기 때문에,적어도 많은 그룹에 있지 않는 괜찮은 화석이 사용할 수 있 anyway.
Phenograms
또는 용어로 실행할 수 있습니 phenogram 지만,이에 대한의 의미를 지니다. 많은 systematists 고려하지 않는 클러스터링을 통해성하여 진정한 phylogenetic 논리는 반면 다른 사람이 동의하지 않고 그것을 사려는 단순히 다른 도구를 phylogentic 습니다., 전 그에 따라 사용 phenogram 구별하는 결과의 거리를 기반으로,클러스터링,phenetic 분석에서 phylogenetic 나무의 결과로서 그들은 무엇을 고려하는 것이 실제 계통 분석한다. 마찬가지로,하나는 다음 phenogram 에 그룹 clade 반대 클러스터 호출,계통 발생 나무에 대 한 후자의 단어를 예약.
이 게시물의 제작에 어떤 식물도 해를 입지 않았습니다. FigTree 는 예제 트리를 생산하는 데 사용되었습니다.나는 이것을 할 수 없다.