학습 목표

  • 리콜 dideoxynucleotide 시퀀싱

생어 시퀀싱이라고도 체인 종료 시퀀싱,를 참조 방법의 DNA 시퀀싱 개발한 프레드릭 생어 1977. 이 방법은 DNA 중합 효소에 의해 서열화 될 DNA 단편의 증폭 및 변형 된 뉴클레오티드–특이 적으로,디데 옥시 뉴클레오티드(ddNTPs)의 혼입에 기초한다.,

고전적인 체인 종료 방법에 필요한 단일 가닥 DNA 템플릿,DNA 프라이머,DNA 중합효소 연,normal deoxynucleotidetriphosphates(dNTPs),그리고 수정된 뉴클레오티드(dideoxyNTPs)를 종료하는 DNA 가닥 신장. 이러한 체인 종료 뉴클레오티드 부족 3′-OH 그룹에 필요한의 형성 phosphodiester 채권 사이에 두 개의 뉴클레오티드를 일으키는 DNA 중합효소 연를 중지 확장자의 DNA 때 ddNTP 포함되어 있습니다. DdNTPs 는 자동화된 시퀀싱 머신에서 검출을 위해 방사성적으로 또는 형광적으로 라벨링될 수 있다.,DNA 샘플은 네 가지로 나누어 분리 시퀀싱 반응,포함하는 모든의 네 가지 기준 deoxynucleotides(dATP,dGTP,dCTP 및 dTTP)및 DNA polymerase. 각 반응에 4 개의 디데 옥시 뉴클레오티드(ddATP,ddGTP,ddCTP 또는 ddTTP)중 하나만 첨가된다. 결합 된 프라이머로부터의 템플릿 DNA 연장의 라운드에 이어,생성 된 DNA 단편을 열 변성시키고 겔 전기 영동을 사용하여 크기별로 분리한다. 이는 자주 사용하여 수행되는 변성 폴리아크릴아미드-요 젤로 각각의 네 개의 반응이 실행에 하나의 네 개 차선(lanes A,T,G,C)., DNA 밴드는 autoradiography 또는 UV 빛에 의해 그 때 가시화될지도 모르곱니다 DNA 순서는 X 선 필름 또는 젤 심상 떨어져 직접 읽힐 수 있습니다.

그림:생어 시퀀싱:다른 형태의 생어 시퀀싱 모든 의존 시퀀스에 대하여 중단되는 종료 dideoxynucleotide(black bars).,

기술의 변화 체인 종료 시퀀싱 포함 태그 지정된 뉴클레오티드이 포함된 방사성에 대한 인 radiolabelling,사용하거나 프라이머 레이블에서 5’end 와 형광 염료로 물들인 것입니다. 염료-프라이머 시퀀싱은 더 빠르고 경제적 인 분석 및 자동화를 위해 광학 시스템에서의 판독을 용이하게합니다. Leroy Hood 와 fluorescently 표지 된 ddNTPs 및 프라이머의 동료에 의한 후기 개발은 자동화 된 고 처리량 DNA 시퀀싱을위한 단계를 설정합니다. 체인 종단 방법은 DNA 시퀀싱을 크게 단순화했습니다., 최근에는 염료-터미네이터 시퀀싱이 개발되었습니다. 염료는 터미네이터 시퀀싱을 이용한 라벨링 체인의 터미네이터 ddNTPs 허용 하는 시퀀싱에서 하나의 반응,오히려 이상의 반응에 표시-프라이머는 방법입니다. 에서 염료는 터미네이터 시퀀싱,각각의 네 개의 dideoxynucleotide chain 터미네이터가 표와 형광 염료,각각의 빛을 내에는 다양한 파장.,

그림 크로마토그래프:이것은 출력을 생어 시퀀싱을 사용하여 읽을 놓여있는지 표시된 염료 종결자. 네 개의 DNA 염기는 상기 DNA 서열을 제공하기 위해 소프트웨어에 의해 해석되는 상이한 색상으로 표현된다.

자동화 DNA 시퀀싱기(DNA 시퀀서)할 수 있습 순서를 384DNA 샘플에 하나의 일괄(run)에서 24 까지 실행 날입니다., DNA 시퀀서 수행하 모세관 전기 이동법에 대한 크기 분리,감지 및 기록의 형광 염료,데이터로 출력 형광 peak 추적 크로마토그램. 자동화는 전체 게놈의 시퀀싱으로 이어진다.

키를 점

  • 의 부족은 두 번째 deoxy 그룹에 dNTP 기 ddNTP,지의 결합은 더 뉴클레오티드이 종료를 만들 DNA 길이를 중지에서 모든 뉴클레오티드,이것은 중심을 더욱 식별 각각의 뉴클레오티드.,
  • 다른 라벨을 사용할 수 있으며 ddNTPS,dNTPs 및 프라이머는 모두 방사능 및 형광으로 표시 할 수 있습니다.
  • 형광 라벨을 사용하여 dideoxy 시퀀싱을 자동화하여 전체 게놈을 시퀀싱하는 데 활용 된 고 처리량 방법을 허용 할 수 있습니다.

주요 용어

  • 크로마토그램:시각에서 출력 크로마토그래프. 일반적으로 그래픽 디스플레이 또는 히스토그램입니다.
  • dideoxynucleotide:모든 뉴클레오티드에서 형성 deoxynucleotide 의 손실에 의한 두 번째 hydroxy 그룹에서 deoxyribose 그룹