この投稿には二つの動機があります。 まず、ツリータイプをもう一度言及する必要がある場合、それは将来の基準点として機能することができ、もちろん、このようなものを調べる必要がある 二つ目は、いくつかの”進化”系統学者は、すべての系統樹のクラドグラムを呼び出す傾向があり、おそらくクラディストが祖先の存在を受け入れないという彼らの怪しげな主張と進化的関係を表示する方法を矛盾させているという私の最近の観察です。, 私たちが木を描くことができるさまざまな方法、それらが何を意味し、クラドグラムが本当に何であるかを説明する機会を利用したいと思います。
系統樹は、端末がどのように関連しているかを示すために、端末を接続する単純な非cycl環的なグラフである-多くの場合、種-。 種の木では、内部の節間は共通の祖先であり、枝が出会う節は種分化イベントです。 遺伝子樹では、それらはそれぞれ祖先対立遺伝子および突然変異事象であろう。
おそらく最も古い真の系統樹は、チャールズ-ダーウィンが彼のノートブック、有名な”私は思う”図に描かれたものでしょう。, しかし、その場合、彼が共通の降下を視覚化するのを助ける抽象的なモデルであり、まだ特定の生物についての具体的な仮説ではありませんでした。

だから私たちは端子を接続するツリーを持っています。 さらに、ツリーがアウトグループに根ざしていると仮定して、明示的な方向性を持つようにします：次の例では、時間の矢印は左から右に向いています。 それは違うかもしれません。, 木が90度回転し、時間の矢印が下から上に向いている場合、またはダーウィンのスケッチの場合のように木が円形であった場合、以下のすべてが同様に この記事が何であるかは、ツリー図の枝の長さが何であれ、単に意味するものです。
クラドグラム

系統樹を描く最も有益な方法は、クラドグラムとしてです。 それが示しているのは、端末がどのように関連していると仮定されているかだけです。, 分岐の長さは無意味であり、任意の長さで描画することができます。 しかし、これが事実であることを示すために、実際には、人々はそれらを同じ長さに描くか、ここでの私の例のツリーの場合のように、すべての終わりのフラ クラドグラムを扱っているかどうかわからない場合は、ダイアグラムにスケールバーがあるかどうかを確認すると便利です。 もしそうでなければ、それはおそらくcladogramです。
しかし、著者はまだ文字の変化が起こった場所を説明するためにクラドグラムの枝にダニを置くことを選ぶかもしれません。, その場合、あなたは系統図（下記参照）によって提供されるのと同じ情報を持つでしょうが、意味のある枝の長さはないので、あなたはまだ木のcladogramビューを
それほど情報がないのなら、なぜクラドグラムがまったく使われているのでしょうか？ 私が言うことができる限り、現代の練習では、クラディストの祖先の独断的な拒絶とは何の関係もありません。 クラドグラムビューは、真の枝の長さを示すと、非常にだらしなく混乱した見た目の木につながるとき、または意味のある枝の長さがないときに、系統発生出版物で実用的に使用されます。, 後者は、コンセンサスツリーが多数の等しく節約的なツリーを要約した場合、またはブートストラップまたはジャックナイフィングの結果である場合です。 彼らは枝の長さを持っていたのコンセンサスですが、コンセンサスツリー自体は、彼らが同意する関係だけを示しています。 それ自体では明確に定義された枝の長さはありません。
系統図

系統図は、分岐の長さが分岐に沿って推測された文字の変化の数に比例する系統樹です。, あなたが見ている木がフラッシュで終わらない枝とスケールバーを持っている場合、あなたは系統図を扱っている可能性が最も高いです。
枝の長さが一つの倍数である場合、ツリーは節約分析の結果であると仮定するのが最も節約的です。 一つの長さは、一つの文字の変更が枝に沿って行われたことを意味し、二つは二つを意味し、というように。 分岐の長さが0.004のオーダーの小さな分数である場合、ツリーは尤度またはベイズ分析の結果である可能性が最も高いです。 長さは、ブランチに沿って文字のどの部分が変更されたかを意味します。, 節約性とモデルベースの系統発生がそのような異なる規則を持っている理由はわかりませんが、それらを直接比較したい場合は、尤度木のすべての分
系統図では、長さゼロの分岐は、その分岐の下の共通の祖先が分岐の最後の子孫と同じ文字を持つように再構築されたことを示していることに注, 私の例のツリーでは、Planta arvensisとPlanta vulgarisの共通の祖先は、分析で使用された文字セットによってPlanta arvensisと区別がつかなかったでしょう。 “進化論”の体系学者は今、”あそこのチンパンジーは私の祖先です”とPlanta arvensisをplanta vulgarisの祖先であると考えることができます。 私はそれが理にかなっているとは思わないが、ポイントは、これは分類へのアプローチの問題です。 この解釈を許さないように、系統樹や分岐分析の問題ではありません。,
クロノグラム

クロノグラムは、枝の長さが時間に比例する系統樹です。 あなたが見ているツリーがultrametricである場合、つまりすべての枝が同じ高さに終わり、全長のスケールバーがある場合は、クロノグラムを扱うことができます。 スケールバーが”Myr”またはそのような単位であり、現在ではゼロで始まる場合、あなたは間違いなくクロノグラムを扱っています。,
いくつかのクロノグラムは絶滅した種を含んでいるためウルトラメトリックではないかもしれないが、これらの種類の樹木を生成する派手な分析はまだほとんど使用されていない。
フェノグラム
あなたが遭遇するかもしれないもう一つの用語はフェノグラムですが、これは枝の長さの意味についてではありません。 多くのsystematistsは、類似性によるクラスタリングが真の系統発生論理を持つとは考えていませんが、他の人は同意せず、単に系統発生的ツールボックスの別のツールとみなします。, したがって、前者は、距離ベースのクラスタリング、フェネティック分析の結果を、実際の系統発生分析であると考えるものから生じる系統発生木と区別するためにフェノグラムを使用する。 同様に、フェノグラム内のグループをクレードとは対照的にクラスターと呼び、系統樹のために後者の単語を予約する。
この記事の作成には植物は害されませんでした。 例木を生成するためにｆｉｇｔｒｅｅを使用した。