Tämä viesti on kaksi motiivit. Ensinnäkin, se voi toimia tulevaisuudessa vertailukohta, jos minun täytyy mainita, puu tyypit taas, ja tietenkin se voi olla löysi kautta hakukoneen kuka tahansa, joka tarvitsee näyttää tätä kamaa. Toinen on minun viime havainto, että jotkut ”kehittyvä” systematists on taipumus kutsua kaikki fylogeneettisiä puita cladograms, ehkä conflating tapoja näyttää evoluution suhteita heidän epäilyttävä väittää, että cladists hyväksy olemassaolon esi-isät., Haluaisin käyttää tilaisuutta hyväkseni ja selittää erilaisia tapoja, joilla voimme piirtää puita, mitä ne tarkoittavat, ja mitä cladogram todella on.
fylogeneettiset puut ovat yksinkertaisia ei-syklisiä kaavioita, jotka yhdistävät päätteet-usein lajit-osoittaakseen, miten päätteet liittyvät toisiinsa. Lajien puita, sisäinen internodes ovat yhteisen esi-isänsä, ja solmut, jos oksat tavata ovat lajiutuminen tapahtumia. Geenipuissa ne olisivat esi-alleeleja ja mutaatiotapahtumia vastaavasti.
ehkä vanhimman todella fylogeneettisen puun piirsi Charles Darwin muistikirjassaan kuuluisa” I think ” – kaavio., Mutta se oli siinä tapauksessa Abstrakti malli auttaa häntä visualisoimaan itselleen yhteistä laskeutumista, ei vielä konkreettinen hypoteesi mitään erityisiä organismeja.

Niin, meillä on puu kytkentäliittimet. Olen edelleen olettaa, että puu on outgroup-juurtunut, niin että se on selkeä suunta: seuraavissa esimerkeissä, nuoli, aika kulkee vasemmalta oikealle. Se voi olla erilaista., Kaikki, joka seuraa toimisi yhtä hyvin jos puut olivat kääntyi 90 astetta ja ajan nuoli osoitti alhaalta ylös, tai jos puu oli pyöreä kuin jos Darwin on luonnos. Mitä tämä viesti on noin on yksinkertaisesti mitä oksan pituudet puu kaavio tarkoittaa, jos mitään.
Cladograms

ainakin informatiivinen tapa kuvaa fylogeneettinen puu on kuin cladogram. Se osoittaa vain sen, miten päätteiden oletetaan liittyvän toisiinsa, ei mitään muuta., Oksan pituudet ovat merkityksettömiä ja ne voidaan piirtää mielivaltaisella pituudella. Mutta näyttää, että tämä on asia, käytännössä ihmiset piirtää niitä joko samanpituisia tai, kuten minun esimerkiksi puu täällä, kuten kaikki päättyy huuhtele. Jos olet epävarma, onko kyseessä kladogrammi, voi olla hyödyllistä tarkistaa, onko kaaviossa mittakaavapalkki. Jos ei ole, se on luultavasti kladogrammi.
tekijä voi kuitenkin vielä halutessaan laittaa punkit kladogrammien oksille havainnollistaakseen, missä hahmomuutokset tapahtuivat., Siinä tapauksessa, sinulla on samat tiedot kuin esittänyt phylogram (ks. alla), mutta ilman mielekästä sivuliikkeen pituudet, joten sinun ovat edelleen tekemisissä cladogram näkymä puu.

jos ne ovat niin epätietoisia, niin miksi kladogrammeja ylipäätään käytetään? Nykykäytännössä sillä ei nähdäkseni ole mitään tekemistä kladistien oletetun dogmaattisen esi-isien hylkäämisen kanssa. Cladogram näkemykset ovat käytännöllisesti käytetään fylogeneettiseen julkaisuja, kun osoittaa todellisen sivuliikkeen pituudet johtaisi erittäin epäsiisti ja sekava näköinen puu tai kun ei ole mielekästä sivuliikkeen pituudet., Jälkimmäinen on asia, jossa konsensus puut yhteenveto useita yhtä nuuka puita tai tulokset bootstrapping tai jackknifing. Jokainen puita ne ovat konsensus oli oksan pituudet, mutta konsensus puu itse osoittaa vain, mitä suhteita he sopivat. Sillä ei ole tarkkaan määriteltyjä oksan pituuksia yksinään.
Phylograms

phylogram on fylogeneettinen puu, jonka sivuliikkeen pituudet ovat verrannollisia siihen, kuinka monta merkki muutokset ovat olleet päätellä pitkin oksat., Jos katselemassasi puussa on oksia, jotka eivät pääty huuhteluun ja mittakaavaan, olet todennäköisesti tekemisissä fylogrammin kanssa.
Jos sivuliikkeen pituudet ovat kerrannaisia yksi, se on yksinkertaisin olettaa, että puu on seurausta nuukuus analyysi. Pituus yksi sitten tarkoittaa, että yksi merkki muutos tapahtui pitkin haara, kaksi tarkoittaa kaksi, ja niin edelleen. Jos sivuliikkeen pituudet ovat pieni murto-osa yksi, jotta 0.004, puu on todennäköisesti seurausta todennäköisyyttä tai Bayes-analyysi. Pituus tarkoittaa siis sitä, mikä murto-osa hahmoista vaihtui haarassa., Minulla ei ole aavistustakaan, miksi nuukuus ja malli-pohjainen phylogenies on niin eri yleissopimusten, mutta jos haluat tehdä niistä suoraan vertailukelpoisia, sinun tarvitsee vain kertoa kaikki sivuliikkeen pituudet todennäköisyys, puu merkkien määrä alkuperäinen data matrix.
Huomaa, että phylogram tarkastella nolla-pituus haara osoittaa, että yhteinen esi-isä alle, että haara on ollut rekonstruoitu on samat merkit kuin jälkeläinen lopussa haara., Minun esimerkiksi puu, yhteinen esi Planta arvensis ja Planta vulgaris olisi ollut mahdoton erottaa Planta arvensis, jonka merkistö jota käytetään analyysissä. On ”kehittyvä” systematist on nyt vapaasti vetää ”tämä simpanssi on minun esi-isä” ja pitävät Planta arvensis olla esi Planta vulgaris. Mielestäni tässä ei ole mitään järkeä, mutta kyse on luokitukseen liittyvistä lähestymistavoista. Kyse ei ole fylogeneettisistä puista tai kladistisista analyyseistä sinänsä, jotka eivät salli tätä tulkintaa.,
Chronograms

chronogram on fylogeneettinen puu, jonka sivuliikkeen pituudet ovat suhteessa aikaan. Jos puu etsit on ultrametric, että on kaikki oksat lopussa huuhtele, ja se on täyspitkä asteikko bar, saatat olla tekemisissä chronogram. Jos mittakaavapalkki on yksiköissä ”Myr” tai vastaavaa ja alkaa nolla nykyisessä olet ehdottomasti tekemisissä ajanoton.,
jotkut kronogrammit eivät välttämättä ole ultrametrisiä, koska ne sisältävät sukupuuttoon kuolleita lajeja, mutta tällaista fancy-analyysia, joka tuottaa tällaisia puita, käytetään edelleen harvoin, eikä vähiten siksi, että monilla ryhmillä ei ole kunnollisia fossiileja saatavilla muutenkaan.
Fenogrammit
toinen termi, johon voi törmätä, on fenogrammi, mutta tässä ei ole kyse oksan pituuksien merkityksestä. Monet systematists eivät pidä klusterointi samankaltaisuus on totta fylogeneettiseen logiikkaa, kun taas toiset ovat eri mieltä ja pitävät sitä yksinkertaisesti toinen väline phylogentic toolbox., Entinen vastaavasti käyttää phenogram erottaa tuloksista matkan perusteella, klusterointi, phenetic-analyysin fylogeneettisiä puita, jotka johtuvat mitä he katsovat olevan todellista fylogeneettisiä analyysejä. Vastaavasti voisi sitten kutsua ryhmän phenogram klusterin vastakohtana haaran, varaamalla jälkimmäinen sana fylogeneettisiä puita.
mitään kasveja ei vahingoitettu tämän viran teossa. Figtreen avulla valmistettiin esimerkkipuita.